@BRIDGe : Animal Biological Resources for Integrated and Digital Genomics

L’offre de services et d’équipements intègre la conservation de l’échantillon biologique et son analyse au niveau moléculaire, cellulaire ou tissulaire. Les domaines d’activité sont la génomique structurale et fonctionnelle, la microgénomique, l’analyse morphologique et ultra-structurale. Trois offres technologiques : services de biobanque, services de génomique, Analyse Fonctionnelle et Morphologique à l’échelle cellulaire ou tissulaire.

La biobanque et les installations de génomique et microgénomique font partie de l’infrastructure Scientifique Collective CRB-Anim soutenue par le programme "Investissements d’Avenir" de 2012 à 2019. CRB-Anim est le pilier animal de l’infrastructure nationale "RARe" pour Ressources Agronomiques pour la Recherche .

1- Services de Biobanque

• Banques de BAC : bovins, ovins, caprins, équins, porc, lapin, poule.
• Traitement, conservation sécurisée, distribution de tout type d’échantillon biologique, à l’exception de matériel infectieux.
• 21 congélateurs -80°C ou -40°C,
• 2 robots d’extraction des acides nucléiques : ChemagicStar, extraction sur billes magnétiques (x24 ou x96), QiaCube, extraction sur colonne (x12),
• 8 instruments de quantification et contrôle qualité des acides nucléiques.

2- Services de génomique

• Station Agilent pour l’hybridation de microarray;
• Séquençage sur Illumina MiSeq ; Capture de régions génomiques ciblées ;
• PCR quantitative : Life Technologies QuantStudio 12K Openarray et TaqMan array cards ; PCR digitale pour une quantification absolue avec un appareil BioRad ddPCR QX200 ;
• Logiciels d’analyse GeneSpring GX (Agilent) et Ingenuity Pathway Analysis (Ingenuity) pour les données du transcriptome, GeneX (Multid) pour la qPCR.

Analyse Fonctionnelle et Morphologique à l’échelle cellulaire ou tissulaire

• Histologie, fixation des tissus, coupe et coloration ; hybridation in situ sur des sections de tissus cryogénisés; immunohistochimie, lames histologiques virtuelles à fond clair.
• Un automate de coloration, 2 microtomes, 2 systèmes de déshydratation et inclusion en paraffine, et 1 platine d’enrobage (Leica), 1 scanner à fond clair et à fluorescence pour lames virtuelles (Panoramic SCAN, 3DHistech), imprimantes de cassettes et de lames (Primera), 2 ultramicrotomes (Reichert E – Leica UC6), 1 automate d’immunohistochimie Leica.
• Microgénomique par Microdissection Laser : production et analyse génomique de micro-et nano-quantités de matériel extrait de cellules isolées de leur environnement tissulaire sous contrôle morphologique. Appareil de microdissection laser (ARCTURUS XT IR /UV), 2 cryostats, 1 SnapFrost.

Politique qualité

• La plateforme @BRIDGe est certifiée ISO 9001:2015 pour toutes ses activités et NFS 96-900 pour la partie biobanque.
• Son CRB est labéllisé IBiSA et Infrastructure Scientifique Collective (ISC) par INRAE.

Activités et réseau de plateformes

• Les domaines d’activité sont la génomique structurale et fonctionnelle, la microgénomique, l’analyse morphologique et ultra-structurale.