L’équipe Plateformes GABI

​Objectifs : L’équipe rassemble l’expertise, le savoir-faire et les équipements des plateformes portées par GABI qui sont ouvertes aux utilisateurs externes :

La plateforme @BRIDGe (animal Biological Resources for Integrated and Digital Genomics, http://abridge.inrae.fr)
Le service de Microscopie électronique à transmission de la plateforme d’imagerie multi-sites MIMA2.
Le plateau de spectrométrie de masse (LC-MS) pour le phénotypage fin des laits.
L’offre de services et d’équipements intègre la conservation des échantillons biologiques et leur analyse au niveau moléculaire, cellulaire ou tissulaire.

Le nombre total d’utilisateurs varie de 120 à 170 par an.

Offre technologique et savoir-faire

Services de Biobanque de la plateforme @BRIDGe

• Banques de BAC : bovins, ovins, caprins, équins, porc, lapin, poule.
• Traitement, conservation sécurisée, distribution de tout type d’échantillon biologique, à l’exception de matériel infectieux.
• 21 congélateurs -80°C ou -40°C,
• 2 robots d’extraction des acides nucléiques : ChemagicStar, extraction sur billes magnétiques (x24 ou x96), QiaCube, extraction sur colonne (x12),
• 8 instruments de quantification et contrôle qualité des acides nucléiques.

Services de Génomique de la plateforme @BRIDGe
Station Agilent pour l’hybridation de microarray;

• Séquençage sur Illumina MiSeq ; Capture de régions génomiques ciblées ;
• PCR quantitative : Life Technologies QuantStudio 12K Openarray et TaqMan array cards ; PCR digitale pour une quantification absolue avec un appareil BioRad ddPCR QX200 ;
• Logiciels d’analyse GeneSpring GX (Agilent) et Ingenuity Pathway Analysis (Ingenuity) pour les données du transcriptome, GeneX (Multid) pour la qPCR.
• Analyse Fonctionnelle et Morphologique à l’échelle cellulaire ou tissulaire (@BRIDGe)
• Histologie, fixation des tissus, coupe et coloration ; hybridation in situ sur des sections de tissus cryogénisés; immunohistochimie, lames histologiques virtuelles à fond clair.
• Un automate de coloration, 2 microtomes, 2 systèmes de déshydratation et inclusion en paraffine, et 1 platine d’enrobage (Leica), 1 scanner à fond clair et à fluorescence pour lames virtuelles (Panoramic SCAN, 3DHistech), imprimantes de cassettes et de lames (Primera), 2 ultramicrotomes (Reichert E – Leica UC6), 1 automate d’immunohistochimie Leica.
• Microgénomique par Microdissection Laser : production et analyse génomique de micro-et nano-quantités de matériel extrait de cellules isolées de leur environnement tissulaire sous contrôle morphologique. Appareil de microdissection laser (ARCTURUS XT IR /UV), 2 cryostats, 1 SnapFrost.

Analyse ultra-structurale de la cellule et de ses organites (MIMA2)

• Plateau de microscopie électronique à transmission avec analyse 2D et reconstruction 3D sur 1 microscope électronique HITACHI 7700.

Plateau de spectrométrie de masse (LC-MS) pour le phénotypage fin des laits
Le plateau LC-MS de l’UMR GABI propose une méthode de profilage des 6 protéines majeures du lait de bovins (caséines ∞s1, ∞s2, β et κ, ∞-lactalbumine et β-lactoglobuline), basée sur le couplage entre la chromatographie liquide en phase inverse (RP-HPLC) et la spectrométrie de masse de type (ESI-MS).

Cette méthode (LC-MS) (sans équivalent à ce jour) permet d’identifier et de quantifier les variants génétiques et d’épissage ainsi que les différentes isoformes résultant des modifications post traductionnelles (phosphorylation et glycosylation) des 6 lactoprotéines majeures. La plupart de leurs principaux produits de dégradation peuvent également être déterminés, notamment les caséines γ et leur compléments (protéoses peptones) résultants de la protéolyse par la plasmine, la protéase endogène du lait.

Activités et réseaux

Les domaines d’activité sont la génomique structurale et fonctionnelle, la microgénomique, l’analyse morphologique et ultra-structurale.

La biobanque et les installations de génomique et microgénomique font partie de l’infrastructure nationale CRB-Anim soutenue par le programme ‘Investissements d’Avenir’ depuis 2012, qui constitue le pilier animal de l’infrastructure de recherche  "RARe" pour Ressources Agronomiques pour la Recherche.

@BRIDGe est membre du réseau GENOPS des plateformes de génomique de l'Université Paris-Saclay.

Politique qualité

La plateforme @BRIDGe est certifiée ISO 9001:2015, et NFS 96 900 pour sa partie biobanque. Son CRB est labellisé IBiSA et Infrastructure Scientifique Collective (ISC) par INRAE.
La plateforme MIMA2 est également labellisée ISC par INRAE.

• Animation: Michèle Tixier-Boichard
• Co-animation: Claudia Bevilacqua (microgenomics, qPCR), Christine Longin (Microscopie électronique)