Génomique, Biodiversité, Bioinformatique, Statistique

Thématique globale 

Les activités de l’équipe visent à proposer une approche holistique et intégrée de l’étude de la diversité sous toutes ses facettes. Ces activités sont soutenues par les progrès technologiques facilitant la collecte de données multi-omiques à grande échelle, ainsi que par le développement de méthodologies et d’outils permettant leur analyse et leur intégration. Ces avancées permettent une meilleure compréhension de la diversité génétique et fonctionnelle des populations animales, conduisant ainsi à l'élaboration de stratégies de gestion plus efficaces des ressources génétiques animales (RGA) pour préserver et exploiter cette diversité, en tenant compte notamment des défis posés par le changement climatique.

Questions scientifiques

1- La caractérisation de la diversité génétique neutre et fonctionnelle dans un contexte de transition agroécologique : Les travaux sur la caractérisation de la diversité "neutre" sont fondamentaux pour comprendre l’histoire évolutive des espèces, et l’impact de la sélection ou des autres pratiques d’élevage. De même, l'équipe continue la recherche sur la génétique de la coloration du plumage et de la morphologie. Les énormes avancées dans l’annotation fonctionnelle des génomes ouvrent néanmoins de nouvelles perspectives.

2- Développement de méthodes d’intégration de données complexes : Notre équipe a acquis une expertise notable et internationalement reconnue dans le domaine de l’intégration de données complexes et hétérogènes, et de nombreuses perspectives s’ouvriront dans les prochaines années dans ce domaine. Nous poursuivons nos travaux sur le développement d’un large panel d’approches pour données multi-omiques, allant des analyses exploratoires à la modélisation explicite des dépendances complexes inter- et intra-omiques.

3- Conservation et mobilisation des ressources génétiques : Fort de son expertise, l'équipe propose des stratégies de conservation et de mobilisation des ressources visant à améliorer la résilience et la robustesse, en utilisant à la fois l’expérimentation et la simulation. Elle maintient un appui aux politiques publiques pour les ressources génétiques, à la fois au niveau national (MASA), européen (ERFP) et mondial (FAO). 

Dispositifs de recherche

• Bases de données nationales et données collectées sur le terrain.
• Unité expérimentale volailles (PEAT, Nouzilly).
• Réseau de Centres de ressources biologiques (CRB-Anim, Infrastructure de recherche RARe).

Collaborations et partenaires

• INRAE : Lignées de l'unité expérimentale PEAT, UMR MaIAGE, 
• France : PEPR Agroécologie & numérique, 
• Europe : projets GEroNIMO, EuroFAANG 
• Europe, Taiwan : Etudes de génétique et génomique des populations sur la volaille (poulet, cailles) ;
• Afrique, Inde : Etudes de génétique des populations sur des populations locales de bovins, poules, pintades ;
• USA : Biostatistique, Intégration et visualisation de données.

Rattachement à l’école doctorale : ABIES (Agriculture Biologie, Environnement, Santé)      

Rattachement à l’Université Paris-Saclay

Expertises : Génétique et génomique des populations ; méthodes de gestion des ressources génétiques in situ et ex situ ; expérimentation animale ; biostatistique ; analyse de données ; bio-informatique.