Genetics for Bovine sustainability

La mission principale de GBOS est d’apporter des connaissances et des outils contribuant, par la génétique, à la durabilité de la production bovine dans ses dimensions économiques, sociales et environnementales. 

Questions scientifiques

Sélection génomique et gestion des populations bovines

L’équipe a été historiquement responsable des évaluations génétiques nationales pour l’espèce bovine (conception et production dans un cadre certifié ISO9001). Depuis le Règlement Zootechnique Européen en 2018, elle s’est recentrée sur la recherche et le développement. Les principales activités concernent les méthodologies d’évaluation génomique (méthode Single Step) et la prise en compte du déterminisme génétique des caractères, en particulier les variants causaux. La prédiction des interactions génotype x milieu et l’évaluation des animaux croisés sont également des priorités. Nous développons des objectifs de sélection pour une production durable, adaptés à la diversité des systèmes. La gestion des populations vise à minimiser la perte de variabilité et une utilisation optimale de l’information génomique intra- et entre troupeaux. Les collaborations internationales sont tournées, d’une part, vers les partenaires du consortium Eurogenomics et, d’autre part, vers l’Inde dans le cadre d’un Laboratoire International Associé (LIA Gimic, incluant aussi l’équipe GiBBS).

Analyse du déterminisme génétique de différents caractères

Les besoins diversifiés d’une sélection durable nous conduisent à analyser des caractères complexes à appréhender, comme l’efficience alimentaire, la santé, la résilience et l’adaptation, la qualité des produits, la tolérance à la chaleur, ainsi que les anomalies génétiques dans le cadre de l’Observatoire National des Anomalies Bovines (ONAB). Les dispositifs de recherche sont construits en unités expérimentales ou en fermes commerciales avec nos partenaires de la sélection bovine. L’objectif est d’identifier des variants causaux à partir de grandes populations de cartographie, avec une approche de séquençage à haut débit et d’imputation, et d’inférer les réseaux de gènes impliqués.  

Structure et dynamique du génome

L’équipe est membre fondateur du projet « 1000 génomes bovins » et investit dans la connaissance du génome, en particulier la caractérisation et l’annotation des variants génétiques. Des travaux de géno-mique régulationnelle visent à améliorer l’annotation des variants. Une approche de génétique inverse permet de prédire et tester à grande échelle les variants a priori délétères sur la base de leur annotation. Enfin, l’équipe étudie déterminisme génétique de certaines marques épigénétiques. 

Dispositifs de recherche :
Notre activité se construit sur une forte synergie entre gestion des populations et analyse de la variabilité génétique. 
Les phénotypes proviennent de la base nationale zootechnique alimentée par plus de 200 organismes d’élevage, et de l’unité expérimentale du Pin. Le Centre de Traitement de l’Information Génétique est un partenaire proche fournissant l’accès aux données. Les séquences sont produites sur la plateforme GetPlage de Toulouse et les travaux de bioinformatique sont réalisés en collaboration avec Sigenae. La majorité des génotypages provient de l’activité de sélection génomique.

Expertises
Méthodes d’évaluation génétique ; gestion des populations.

Partenariats 

• GBOS héberge l’Unité Mixte Technologique eBIS constituée d’agents de INRAE, Idele et Allice. 
• Collaborations intra-INRAE avec les départements GA, Phase et SA, et avec les écoles vétérinaires.
• Partenariat avec les opérateurs de la sélection bovine membres de France Génétique Elevage, avec Apisgene, Valogene, GenEval, …
• Membre fondateur du consortium « 1000 génomes bovins » (>40 partenaires).
• Collaboration internationale en sélection génomique : Eurogenomics, Intergenomics, Interbull, Interbeef, LIA Gimic avec l’Inde.
• Consortiums des projets H2020 GenTORE, Bovreg