Génétiques Utiles Pour les Poissons et Insectes en agroEcologie (GUPPIE)

Thématique globale 

Les enjeux majeurs sont d’adapter nos populations de poissons et insectes face à un changement climatique brutal et rapide, et de faciliter la transition agroécologique des élevages. Répondre à ces enjeux nécessite de développer des fronts de science et de technologie. Il s’agit de préciser les leviers d’action génétiques et épigénétiques permettant à nos espèces de faire face aux fluctuations environnementales, en particulier la hausse de la température, et l’augmentation de la pression des agents pathogènes infectieux. La finalité de notre projet est de produire des poissons et des insectes dans des milieux fluctuants et des élevages résilients, plus respectueux de l’environnement.

Questions scientifiques

1- Génomes, microbiome et épigénome des poissons : L'équipe poursuit des recherches sur une exploration fine de la structure et la diversité des génomes de truite arc-en-ciel, englobant le pangénome, les variants structuraux et le génome mitochondrial. Nos travaux de recherche viseront également à caractériser la diversité du microbiote intestinal associé à la truite arc-en-ciel.

2- Phénotypage et génétique pour la transition agroécologique : Cet axe vise à explorer plusieurs thématiques clés pour améliorer la résilience et l'efficience des élevages, avec un accent particulier sur la santé des truites et des abeilles.

3- Sélection pour des élevages résilients et durables : Il s'agit du développement d'approches qui permettent l'élaboration d'objectifs de sélection en intégrant l'impact environnemental des productions.

Dispositifs de recherche

• Piscicultures expérimentales : INRAE : PEIMA (Sizun) et IERP (Jouy en Josas), Ifremer Palavas
• Ressources génétiques originales développées par l’équipe
• Cellule Bioinformatique GABI, Sigenae et plateformes de génomique : GeT-Plage, @BRIDGe, Gentyane.

Collaborations et partenaires

• Professionnels de la sélection piscicole et apicole : SYSAAF (Syndicat des sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français), ITSAP- Institut de l’Abeille, sélectionneurs
• Collègues INRAE spécialistes des fonctions : nutritionnistes, hysiologistes, immunologistes.
• Ifremer, CIRAD
• Universités de Wageningen (NL), de Bohème du Sud (Tchéquie), Luke (Finlande)

Rattachement à l’école doctorale : ABIES (Agriculture Biologie, Environnement, Santé)      

Rattachement à l’Université Paris-Saclay

Expertises : Aquaculture ; Génétique quantitative ; Modélisation ; Physiologie ; Comportement ; Sélection ; Truite ; Bar ; Daurade ; Carpe ; Abeille.