Bilan de la sélection génomique bovine en France

La sélection génomique consiste à prédire la valeur génétique d'un animal à partir d'un grand nombre de marqueurs répartis sur tout le génome. Les effets statistiques de ces marqueurs sur un caractère donné sont estimés avec une population de référence, phénotypée et génotypée, et sont appliqués au génotype des candidats pour obtenir une prédiction fiable. 

Chez les bovins qui ont joué un rôle pionnier dans ce domaine, la sélection génomique a été introduite dès 2009, lorsque les outils de génotypage ont été disponibles. Son introduction a été une véritable révolution puisqu’elle a remplacé le testage sur descendance, elle a fourni des index précis pour de nombreux caractères, même ceux à héritabilité faible, elle a augmenté l’efficacité de la sélection et produit un progrès génétique plus équilibré au profit des caractères fonctionnels. Sa généralisation a permis une forte réduction des coûts de génotypage de sorte qu’elle est largement utilisée dans les programmes de sélection et mais aussi intra-troupeau. La sélection a été étendue à de nombreux caractères nouveaux, en particulier dans le domaine de la santé, ce qui permet un accroissement et le renouvellement des populations de référence. Elle a apporté des solutions opérationnelles pour détecter et éradiquer les anomalies génétiques, et proposé des solutions pour maitriser l’évolution de la consanguinité. Elle a aussi fortement impacté l’organisation de la sélection à la fois en induisant une augmentation de taille des acteurs, en créant de nouvelles alliances et en modifiant le statut des données de phénotypes et de typages qui sont devenues plus stratégiques.

Cet article présente les différentes étapes de cette aventure collective, dans ses différents développements et sa mise en œuvre depuis les années 2000, en montrant les synergies recherchées pour gagner en efficacité et réduire les coûts. Si les bovins ont joué un rôle pionnier, la sélection génomique s’est également développée dans d’autres espèces animales et végétales et elle devient la norme dans le domaine de la sélection, même si les conditions techniques et économiques ne sont généralement pas aussi favorables qu’en bovins

Perspectives
Cette évolution n’est pas achevée et l’article présente les perspectives attendues dans les années à venir. Notons par exemple la prise en compte de nouveaux caractères pour relever les défis futurs ; l’estimation et l’utilisation des interactions génotype x milieu ; ou l’utilisation de nouvelles informations haut-débit (annotation du génome, méthylation de l’ADN, microbiote…). Les conditions futures seront très différentes et la sélection aura besoin d’outils efficaces pour adapter les populations.

Contact : Didier Boichard

Référence :
BOICHARD, D., CROISEAU, P., PHOCAS, F., SAINTILAN, R., GUILLAUME, F., TAUSSAT, S., … FRITZ, S. (2026). Bilan de la sélection génomique bovine en France. INRAE Productions Animales, 39(2), 9986. https://doi.org/10.20870/productions-animales.2026.39.2.9986