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Résumé : La vaccination est l’une des stratégies les plus efficaces pour la prévention des maladies infectieuses. Cependant, la plupart des vaccins présentent une efficacité variable, sous l’effet des variations génétiques de l'hôte et probablement aussi des variations du microbiote intestinal. Étudier les effets combinés de ces deux facteurs sur la réponse vaccinale constitue une stratégie intégrée et novatrice. Ce projet a reposé sur l'étude de 4 lignées de poule pondeuses, expérimentales ou commerciales. Nous avons étudié l'impact d'une forte perturbation du microbiote intestinal (par un modèle de traitement par antibiotiques) et d'un changement de l'environnement d'élevage (avec accès à un parcours extérieur) sur la réponse vaccinale et plus généralement sur l'immunocompétence. Pour évaluer le bien-être des animaux, nous avons également mené des études comportementales. Les objectifs de cette thèse étaient : (1) d'évaluer l’impact de la génétique sur le microbiote intestinal, la réponse vaccinale, l’immunocompétence et le comportement ; (2) d’étudier l’impact d’une perturbation du microbiote sur ces paramètres ; (3) d'évaluer l’impact de l’élevage à l’extérieur sur ces paramètres. Finalement, ces travaux ont contribué à l'identification des meilleurs leviers (génétique, microbiote, environnement d'élevage) qui peuvent être combinés pour élever des animaux plus robustes, avec une meilleure santé et un bien-être optimisé.
 
Jury :
1.    Catherine LARZUL, Rapportrice, DR (GenPhySE, INRAE, Université de Toulouse)
2.    Gilles FOUCRAS, Rapporteur, Professeur (ENVT, INRAE, Université de Toulouse)
3.    Stéphane CHAILLOU, Examinateur, DR (MICALIS, INRAE, Université Paris-Saclay)
4.    Anne COLLIN, Examinatrice, DR (BOA, INRAE, Université de Tours)
5.    Rodrigo GUABIRABA-BRITO, Examinateur, CR (ISP, INRAE, Université de Tours)
6.    Marie-Hélène PINARD VAN DER LAAN, Directrice (GABI, INRAE, Université Paris-Saclay)
7.    Fanny CALENGE, Encadrante (GABI, INRAE, Université Paris-Saclay

La soutenance aura lieu le Mardi 30 Avril à 14h dans l’amphithéâtre Jacques Poly du bâtiment 440 du centre INRAE de Jouy-en-Josas (en français) et sera retransmise en ligne par visioconférence Zoom.