Déterminisme génétique et mécanismes de résistance à la septicémie hémorragique virale chez la truite arc-en-ciel

La soutenance aura lieu en anglais le vendredi 30 octobre 2026 à partir de 14h, dans l’amphithéâtre Jacques Poly (bâtiment 440) du centre INRAE de Jouy-en-Josas.

Cette thèse a été réalisée :
• sous la direction de Florence PHOCAS, Directrice de recherche, Jouy-en-Josas (INRAE) ;
• sous la co-direction de Delphine LALLIAS, Chargée de recherche, Jouy-en-Josas (INRAE) ;
• le co-encadrement de Pierre BOUDINOT, Directeur de recherche, Jouy-en-Josas (INRAE) ;
• et le co-encadrement de Bertrand COLLET, Directeur de recherche, Jouy-en-Josas (INRAE).

Le jury sera composé de :
• Georges LUTFALLA, Directeur de recherche émérite, Université de Montpellier (CNRS), Rapporteur ;
• Eloi VERRIER, Chargé de recherche, Université de Strasbourg (INSERM), Rapporteur ;
• Julia BEJAR ALVARADO, Professor titular, Universidad de Malaga (Espagne) ; Examinatrice ;
• Karim BENIHOUD, Professeur, Université Paris-Saclay ; Examinateur ;
• Ségolène CALVEZ, Professeur, Oniris VetAgroBio ; Examinatrice ;
• Rachel RUPP, Directrice de recherche, INRAE centre Occitanie-Toulouse ; Examinatrice.

Résumé
La septicémie hémorragique virale (SHV) est une maladie virale sévère qui touche de nombreuses espèces de poissons. La truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss), principale espèce piscicole   française, est très sensible au virus de la SHV (VSHV), dont les épidémies entraînent de fortes mortalités. Faute de traitement efficace, améliorer la résistance des hôtes par sélection constitue une stratégie prometteuse contre cette maladie. Cette thèse vise à caractériser l'architecture génétique et les mécanismes moléculaires de la résistance au VSHV, en combinant génétique   quantitative, génomique fonctionnelle et approches multi-omiques. Une analyse d’association pangénomique dans la lignée synthétique de truite arc-en-ciel d’INRAE a identifié 4 nouvelles régions génomiques potentiellement associées à la résistance au VSHV. Dans deux lignées isogéniques INRAE aux phénotypes contrastés (l’une résistante, l’autre sensible au VSHV), des réponses transcriptomiques et cellulaires distinctes ont été mises en évidence. Enfin, le rôle de deux gènes candidats (crfb2 et lrp1) dans la réponse à l'infection par le VSHV a été évalué par   édition du génome in vitro par CRISPR-Cas9 dans des lignées cellulaires de salmonidés. L'implication de la voie de l'interféron de type I, groupe II, et de l’inflammation ainsi été mise en évidence dans la résistance au VSHV. Ce travail enrichit notre compréhension de l'architecture génétique et des bases moléculaires de la résistance au VSHV chez la truite arc-en-ciel. Ces   résultats fournissent des connaissances utiles pour la sélection et la mise en œuvre de stratégies durables de lutte contre la SHV en salmoniculture.

La soutenance est publique. L'accès au centre INRAE de Jouy-en-Josas est sur déclaration préalable (contact)