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MOTS-CLES : Règlement zootechnique européen ; évaluation génétique des reproducteurs ; sélection animale

Cette mission a mobilisé conjointement trois unités INRA:

• le Centre de Traitement de l’Information Génétique (CTIG) de Jouy-en-Josas, pour la maitrise d’œuvre de la base nationale (qui centralise l’ensemble des informations nécessaires à l’évaluation), la mise à disposition des données et la réalisation des traitements informatiques (calculs, distribution des résultats d’évaluation) ainsi que la fourniture des ressources informatiques pour le calcul et le stockage;
• l’Unité Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI) de Jouy-en-Josas, pour la conception et la réalisation des évaluations génétiques bovines ;
• l’Unité Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage (GenPhySE) de Toulouse pour la conception et la réalisation des évaluations génétiques des ovins et caprins.

A partir des données collectées dans les élevages par les différents partenaires professionnels (identification et pedigree des animaux, performances issues des élevages et génotypages), l’INRA a, pendant toutes ces années, développé et réalisé de nombreuses évaluations génétiques caractérisées par trois points forts :

• une évolution constante des méthodologies d’évaluation. Les travaux conduits au sein des deux Unités Mixtes Technologiques eBis et GPR, au plus proche des résultats de recherche les plus récents, ont permis de fournir aux professionnels du dispositif génétique français des outils d’évaluation fiables, précis et performants.
• un « Big Data » mutualisé avant l’heure qui a permis à la génétique française d’être parmi les premières à développer la sélection génomique
• en support à ces évolutions, la disponibilité d’une puissance de calcul en augmentation constante et une certification ISO9001 des activités liées à l’évaluation.

Le Règlement Zootechnique Européen 2016/1012 (RZUE) du 8 juin 2016 modifie ce cadre et prévoit que, désormais, les Organismes de Sélection (OS) reconnus par l’Etat sont responsables de l'évaluation génétique de leurs reproducteurs.
Cette disposition rend caduque la mission réglementaire de l’INRA en matière de réalisation des évaluations. L’INRA ne peut donc plus légitimement affecter de moyens à cette activité, et a cessé de réaliser le calcul des index à partir du 1er novembre 2018, date d’entrée en application du RZUE.  
L’INRA promeut néanmoins le maintien d’un système d’évaluation mutualisé, gage d’efficacité à la fois technique et économique et d’un accès pour tous les OS à une évaluation génétique de qualité. Dans cette logique, dès janvier 2018, l’INRA a entrepris, avec ses partenaires des UMT, une opération de transfert des procédures d’évaluation génétique élaborées au fil des années auprès de GenEval, la structure d’évaluation mutualisée créée par Allice et Races de France. L’INRA a formé le personnel de GenEval aux différentes chaines de traitement pour l’indexation et lui a fourni l’infrastructure de calcul nécessaire et l’accès aux jeux de données consolidées nécessaires au lancement de son activité. Des contrôles d’isofonctionnalité ont été réalisés au fur et à mesure sur toutes les chaînes d’évaluations. L’opération de transfert s’est achevée en octobre 2018 et GenEval réalise les évaluations génétiques en autonomie depuis le 1er novembre.
En parallèle, l’INRA participe avec les partenaires à l’évolution des systèmes d’information. L’Etat français a en effet prévu d’activer l’article 28 du RZUE qui lui permet de demander aux OS de lui fournir les données « complètes relatives aux contrôles des performances et aux évaluations génétiques effectués sur des animaux reproducteurs détenus dans des exploitations situées sur le territoire sous la responsabilité de l’Etat ». Il a mandaté l’INRA (et en son sein, le CTIG) pour construire, héberger et maintenir cette Base Nationale Zootechnique (BNZ). L’INRA met en place cette BNZ, un outil unique pour les besoins de l’Etat, ceux de GenEval et de la recherche, dans le respect du consentement des apporteurs de données. Pour l’évaluation génétique, cette base et ses interfaces avec GenEval sont d’ores et déjà une garantie d’accès à des données validées en amont et donc à des évaluations fiables et au coût réduit.
L’application du RZUE va modifier profondément l’organisation des évaluations génétiques. L’INRA s’est fortement mobilisé pour accompagner les (nouveaux) acteurs de l’évaluation et faciliter la transition.
En redistribuant les activités de production des évaluations, la nouvelle organisation permettra à l’INRA de repositionner ses forces sur ses activités de recherche autour de l’évaluation génétique, la gestion des populations animales, l’analyse de nouveaux caractères, et de continuer à contribuer à la valorisation du capital représenté par les données collectées sur les ressources génétiques animales françaises.  
En gardant un lien étroit avec les partenaires professionnels, notamment au sein des UMT, l’INRA préparera les applications de demain, au service de GenEval et de tous les professionnels du dispositif génétique français, dans un contexte de forte concurrence.