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L’information génétique est véhiculée chez les mammifères par les chromosomes. Chaque individu reçoit une version de chaque chromosome par chacun de ses parents, ce qui forme une paire de chromosomes homologues. Chez les bovins, il y a ainsi 29 paires, en plus des chromosomes sexuels. Les réarrangements interchromosomiques sont le fruit du déplacement d’un segment de chromosome vers un autre chromosome non-homologue. Les travaux publiés dans cet article présentent une méthode développée par notre équipe de recherche pour détecter des réarrangements interchromosomiques en utilisant les génotypages de millions de bovins. Ces génotypages balisent le génome de chaque animal avec plusieurs centaines de marqueurs par chromosome. En calculant la chance qu’un marqueur d’un chromosome se retrouve systématiquement présent en même temps qu’un marqueur d’un autre chromosome dans des grandes fratries, il a été possible de déduire les familles dans lesquelles un réarrangement était présent. La présence de réarrangements a ensuite été validée par des méthodes préexistantes.

Ce travail est le premier à faire l’état des lieux de la présence de ces anomalies dans l’espèce bovine et à quantifier l’occurrence du phénomène chez les taureaux d’insémination : sur 5571 fratries analysées, 12 se sont révélées porter une de ces anomalies. Grâce aux bases données sur les phénotypes des bovins en France, l’étude a par ailleurs été l’occasion de quantifier les effets particulièrement délétères des réarrangements sur la fertilité des animaux porteurs (division par deux des chances de réussite d’un accouplement), leur santé (impliquant des taux de mortalité élevés). Ces répercussions constituent des pertes et périodes improductives couteux pour les élevages et lourds de conséquences pour l’environnement. Au final, la diffusion d’un taureau porteur coûte plusieurs centaines de milliers d’euros aux filières de production.

Heureusement, il existe des moyens de prévention : réalisation de caryotypes, suivi et alertes sur les problèmes de fertilité des taureaux d’insémination et enfin, utilisation la plus précoce possible de la méthode proposée par les chercheurs dans ce papier, dès lors que les premiers veaux nés issus d’un même père pour détecter les cas qui ne l’auraient pas encore été. Les animaux identifiés comme porteurs peuvent ainsi être écartés de la production du renouvellement pour éviter de diffuser l’anomalie au fil les générations.

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Description de l'illustration : Les évaluations génétiques des bovins basées sur des milliers de marqueurs génétiques sont utilisées par les éleveurs à des fins commerciales et de sélection. Les connaissances acquises grâce à ces évaluations peuvent être utilisées pour que les animaux soient en meilleure santé et de plus en plus respectueux de l’environnement. Dans ce numéro de Genome Research, une approche pour détecter les réarrangements interchromosomiques chez les bovins en cherchant des motifs anormaux de déséquilibre de liaison entre les marqueurs situés sur des chromosomes différents est présentée. Cette approche peut être utilisée pour sélectionner des animaux qui sont en meilleure santé et qui produiront des aliments pour la consommation humaine en réduisant à la fois les pertes et périodes improductives en élevage et l’empreinte environnementale de l’agriculture. La couverture met en lumière une vache en bonne santé couronnée d’une double hélice d’ADN. Elle est issue d’une photo de vache prise par l’auteur, modifiée manuellement puis en utilisant MidJourney (https://www.midjourney.com).
Couverture No 33 (6) Genome Research : https://genome.cshlp.org/content/33/6.cover-expansion