Vous avez envie de contribuer à la recherche publique, de vous investir dans des projets porteurs d'enjeux pour la société ? Alors rejoignez nos équipes de recherche en vous inscrivant aux concours de chargés de recherche (H/F) : inscriptions jusqu'au 2 mars 2023.
A qui s'adressent ces concours ?
Le concours est la porte d’entrée dans la fonction publique, il permet d'accéder à des postes permanents. Le recrutement des chargés de recherche s’effectue, en règle générale, parmi les chercheurs et les chercheuses en début de carrière ayant soutenu une thèse (ou justifiant de titres et travaux scientifiques jugés équivalents). Vous devez avoir valorisé les résultats de votre thèse par des publications. Vous serez recruté-e pour vos compétences scientifiques que vous mettrez au service des grandes orientations d'INRAE pour répondre à une thématique de recherche précise. Vous avez connaissance de cette thématique dans les profils de poste qui sont en ligne.
Inscription jusqu'au 2 mars !
Chargé-e de recherche en génétique épidémiologique pour la santé des animaux d'élevage
Au sein de GABI, vous rejoindrez l’équipe « Génétique, Microbiote, Santé (7 chercheurs, 2 ingénieurs et 5 techniciens) qui étudie le rôle combiné de la génétique de l’hôte, des compétences immunitaires et du microbiote intestinal et de leurs interactions sur la santé du porc et de la poule. L’équipe étudie le déterminisme génétique de la résistance à des agents pathogènes spécifiques et développe des travaux de biologie intégrative pour identifier des biomarqueurs prédicteurs ou signatures d’une bonne santé utilisables en élevage et/ou en sélection. Vous élargirez les approches actuelles et développerez une nouvelle stratégie d’épidémiologie génétique. Vous contribuerez à renforcerez aussi l’étude de l’architecture génétique des caractères immunitaires et d’immunocompétence.
Dans les systèmes d’élevage au sol et en plein air qui sont en développement, les animaux sont davantage exposés aux contraintes de l’environnement, les pressions de pathogènes peuvent être plus importantes et les contacts entre animaux sont plus nombreux. Ces multiples interactions hôte-hôte et hôte-pathogène complexifient la gestion de la santé. Jusqu’à présent, seules les réponses individuelles des animaux aux infections sont prises en compte pour élaborer les stratégies d’amélioration de la santé. Vous contribuerez au renouvellement des concepts dans ces approches en développant des modèles originaux d’épidémiologie génétique, prenant en compte ces interactions et la dynamique des infections, en plus des variabilités génétiques individuelles. Dans un premier temps, vous développerez vos travaux sur un modèle « poule-coccidiose », une maladie parasitaire importante chez la volaille, à l’aide de données déjà disponibles sur les réponses individuelles (marqueurs génétiques, mesures d’expression génique et de réponse vaccinale). Vous serez amené.e à concevoir les expérimentations nécessaires à la validation de vos modèles et à estimer de manière originale les paramètres génétiques des caractères d’infectiosité et d’aptitude à transmettre la maladie. L’analyse intégrative de ces nouvelles données permettra de mieux comprendre l’architecture génétique des caractères étudiés. Dans un deuxième temps, vous pourrez élargir vos questions de recherche en travaillant sur d’autres pathogènes importants en production avicole et/ou porcine, et déployer vos travaux pour contribuer au développement de nouvelles stratégies de sélection pour l’amélioration de la santé animale et pour une transition agroécologique efficace, en partenariat avec les acteurs professionnels des filières.
Vous bénéficierez de l’expertise de l’équipe en biologie computationnelle, immunophénotypage et génomique et de celle des collègues bioinformaticiens et biostatisticiens de l’unité. Vous bénéficierez d’un réseau dynamique de collaborations interdisciplinaires au sein d’INRAE (département Santé Animale notamment) avec l’ANSES, l’INSERM, et de partenariats bien établis avec des entreprises des filières avicole et porcine. Vous aurez accès à un ensemble d’infrastructures et centres de ressources (plates-formes technologiques, unités expérimentales). Vous rejoindrez un réseau de collaboration en modélisation au sein du département Génétique animale, et développerez votre propre réseau à INRAE et à l’international avec des équipes reconnues dans ce domaine.
Formations et compétences recherchées
Titulaire d’un doctorat (ou équivalent) en génétique quantitative, vous avez un fort intérêt pour la modélisation des données biologiques, l’épidémiologie génétique, l’intégration de données hétérogènes et l’étude du déterminisme génétique des caractères de santé. Des connaissances en santé et/ou immunologie et/ou épidémiologie sont souhaitables.
La maîtrise de l’anglais est souhaitée ainsi qu’une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n’en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l’étranger à l’issue de l’année de stage.
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Chargé-e de recherche en apprentissage statistique intelligence artificielle pour la biologie
Au sein de GABI, vous rejoindrez l’équipe GIBBS « Génomique, Biodiversité, Bioinformatique, Statistique » qui réunit des chercheurs spécialistes de l’analyse de données « -omiques » complexes et hétérogènes. Pour développer vos travaux, vous partagerez votre temps entre cette équipe et l’équipe SOLsTIS « Statistical mOdelling and Learning for environmenT and lIfe Sciences » de l’unité MIA-Paris-Saclay (Mathématiques et Informatique Appliquées-Paris, 32 permanents) du département MATHNUM (Mathématiques et Science du Numérique), localisée sur le site de Saclay-Palaiseau. Les recherches de MIA-Paris-Saclay visent à développer des méthodes statistiques et informatiques de pointe pour répondre à des questions scientifiques en sciences du vivant. L’équipe SOLsTIS comprend plusieurs chercheurs spécialistes des algorithmes d’apprentissage statistique, ouverts sur l’intelligence artificielle.
Vous conduirez des projets de développements méthodologiques en sciences des données, intelligence artificielle et apprentissage statistique pour l’analyse génétique et génomique des caractères liés à la transition agro-écologique des élevages et leur adaptation au changement climatique (résilience, adaptation et bien-être animal, diminution de l’impact environnemental) et la valorisation de la diversité génétique. Vous bénéficierez pour cela de l’environnement scientifique et de l’appui des statisticiens des deux équipes GIBBS et SOLsTIS, et renforcerez leur dynamique commune de recherche, organisée en particulier autour de l’analyse de données hétérogènes et de grande dimension en vue d’une meilleure compréhension et caractérisation des phénotypes des animaux domestiques.
Vous concevrez de nouvelles méthodes ou améliorerez des approches existantes pour l’intégration de données nombreuses et hétérogènes (multi-omiques, mesures à haut-débit et en continu, images, enregistrements de capteurs, données de géolocalisation). Vous travaillerez en complémentarité avec les scientifiques de GiBBS, qui ont une expertise en analyses multivariées et inférence de réseaux, et les scientifiques de SOLsTIS, qui apporteront leurs compétences sur les algorithmes d’intelligence artificielle et de machine learning.
Dès votre arrivée, vous serez impliqué-e dans deux projets en lien avec le bien-être animal et des caractères d’adaptation des animaux à différents environnements. Vous interagirez également avec les généticiens de l’unité GABI et du département GA lors de la conception et l’élaboration des projets de recherche, et pour l’interprétation de leurs résultats.
En cohérence avec la politique INRAE en matière de science ouverte, vous valoriserez vos travaux de recherche auprès de la communauté scientifique par des publications et mettrez à disposition des packages R/Python afin de permettre une large diffusion des méthodes développées. Vous aurez accès aux plateformes de calcul des sites INRAE de Jouy-en-Josas et de Toulouse (Migale, Genotoul).
Vous vous appuierez sur le riche réseau de collaborations méthodologiques déjà établi par les équipes d’accueil GIBBS et SOLsTIS et l’élargirez à différents niveaux : local, national et international. Vous interviendrez dans des formations (masters, écoles-chercheurs) et des encadrements de stagiaires et de doctorants.
Formations et compétences recherchées
Titulaire d’un doctorat (ou équivalent) en Biostatistique / Mathématiques Appliquées / Intelligence Artificielle, avec une excellente formation en apprentissage statistique et science des données, vous avez un fort intérêt pour la modélisation de données biologiques, et de très bonnes compétences en programmation (langages R/Python).
La maîtrise de l’anglais est souhaitée ainsi qu’une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n’en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l’étranger à l’issue de l’année de stage
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