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Consortium FarmGenomic sur la diversité génomique des poulets

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Consortium FarmGenomic sur la diversité génomique des poulets

Un nouveau consortium sur la diversité génomique des poulets : La génomique à grande échelle pour déchiffrer les origines et les adaptations des poulets

Le projet FarmGenomic a pour l'objectif d'explorer « Comment l'ère de la génomique à haut débit peut être exploitée pour répondre aux questions évolutives concernant le poulet ? ».

Le poulet reste un organisme modèle de premier plan dans de nombreux domaines de recherche, ainsi qu'une source majeure de protéines pour la consommation humaine.

La publication du quatrième rapport sur le génome du Poulet, par la revue Cytogenetic and Genome Research « Fourth Report on Chicken Genes and Chromosomes 2022 » rend compte des nombreuses avancées qui ont eu lieu au cours de ces sept dernières années au niveau des ressources génomiques, des technologies de séquençage, des connaissances cytogénétiques et des données dans cette espèce. Il aborde aussi l’impact des recherches sur le poulet dans une perspective beaucoup plus "globale", concernant la sécurité alimentaire et le changement climatique. Il présente les efforts des consortiums internationaux, tels que le Chicken Diversity Consortium (Consortium pour la diversité du poulet).

Financé par l’appel à projets du cluster de calcul SuperMUC du Leibniz-Rechenzentrum en Allemagne, ce nouveau consortium de scientifiques rassemble une vingtaine de membres de dix institutions d'Europe, d'Amérique du Nord et d'Afrique de diverses disciplines, notamment la génomique, la paléogénétique, l'élevage, l'immunologie, la biologie des organismes, la biologie évolutive et l'archéologie. Les objectifs du consortium FARMGENOMIC sont nombreux et variés, reflétant les divers intérêts des groupes participants.

Les objectifs scientifiques spécifiques sont les suivants :
1. Consanguinité et allèles délétères.
2. Variants structuraux.
3. Déterminisme génétique de phénotypes d’intérêt.
4. Distribution de la diversité génétique existante à l’échelle de l’espèce.
5. Histoire évolutive de l’espèce, du sauvage au domestique.u
7. Évolution et adaptation du système immunitaire

Ces lignes de recherche feront l’objet de publications conduites par différents membres du consortiumen fonction de leur expertise. Dès le départ, le consortium s'est efforcé d'être aussi inclusif que possible et, par conséquent, les études énumérées ci-dessus ne sont ni exhaustives ni limitées aux membres actuels du consortium. Le consortium accueille favorablement les contributions de tous les groupes souhaitant faire le meilleur usage de cette ressource génomique.

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Référence
Smith J, Alfieri J, M, Anthony N, Arensburger P, Athrey G, Balacco J, Balic A, Bardou P, Barela P, Bigot Y, Blackmon H, Borodin P, M, Carroll R, Casono M, C, Charles M, Cheng H, Chiodi M, Cigan L, Coghill L, M, Crooijmans R, Das N, Davey S, Davidian A, Degalez F, Dekkers J, M, Derks M, Diack A, B, Djikeng A, Drechsler Y, Dyomin A, Fedrigo O, Fiddaman S, R, Formenti G, Frantz L, A, F, Fulton J, E, Gaginskaya E, Galkina S, Gallardo R, A, Geibel J, Gheyas A, A, Godinez C, J, P, Goodell A, Graves J, A, M, Griffin D, K, Haase B, Han J, -L, Hanotte O, Henderson L, J, Hou Z, -C, Howe K, Huynh L, Ilatsia E, Jarvis E, D, Johnson S, M, Kaufman J, Kelly T, Kemp S, Kern C, Keroack J, H, Klopp C, Lagarrigue S, Lamont S, J, Lange M, Lanke A, Larkin D, M, Larson G, Layos J, K, N, Lebrasseur O, Malinovskaya L, P, Martin R, J, Martin Cerezo M, L, Mason A, S, McCarthy F, M, McGrew M, J, Mountcastle J, Muhonja C, K, Muir W, Muret K, Murphy T, Ng’ang’a I, Nishibori M, O’Connor R, E, Ogugo M, Okimoto R, Ouko O, Patel H, R, Perini F, Pigozzi M, I, Potter K, C, Price P, D, Reimer C, Rice E, S, Rocos N, Rogers T, F, Saelao P, Schauer J, Schnabel R, D, Schneider V, Simianer H, Smith A, Stevens M, P, Stiers K, Tiambo C, K, Tixier-Boichard M, Torgasheva A, A, Tracey A, Tregaskes C, A, Vervelde L, Wang Y, Warren W, C, Waters P, D, Webb D, Weigend S, Wolc A, Wright A, E, Wright D, Wu Z, Yamagata M, Yang C, Yin Z, -T, Young M, Zhang G, Zhao B, Zhou H: Fourth Report on Chicken Genes and Chromosomes 2022. Cytogenet Genome Res 2023. doi: 10.1159/000529376

Date de modification : 05 octobre 2023 | Date de création : 10 mars 2023 | Rédaction : GABI M. Tixier-Boichard - Edition P. Huan