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Encadrement
Mathilde Dupont-Nivet (DR, HDR ; directrice de thèse)
Simon Pouil (CR ; co-encadrant)

Lieu de la thèse
UMR GABI, INRAE, Centre de Jouy-en-Josas, Domaine de Vilvert
Equipe GUPPIE : « Génétiques Utiles Pour les Poissons et Insectes en agro-Ecologie »

Financement
50% INRAE (métaprogramme CLIMAE)

Ouvert au concours de l’école doctorale ABIES

Résumé
Face aux préoccupations sociétales concernant la durabilité des systèmes de production aquacoles, il existe un intérêt croissant pour la prise en compte non seulement des gains économiques mais aussi des impacts environnementaux pour guider le choix des objectifs de sélection. La truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) est la principale espèce de poisson élevée en France et l'une des principales espèces de salmonidés élevées dans le monde. L’impact environnemental de la production de truite fait l’objet de critiques et le réduire est un enjeu majeur pour des raisons environnementales, mais aussi sociétales et économiques. Cela soulève des interrogations scientifiques en génétique qui ont été relativement peu explorées jusqu'à présent. En effet, la sélection génétique visant à améliorer les performances des poissons peut contribuer à accroître les bénéfices économiques des exploitations, mais elle peut également jouer un rôle essentiel dans la réduction de leur impact sur l'environnement, comme le suggèrent des études récentes. Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse sera d’explorer différentes stratégies de sélection pour améliorer les performances à la fois économiques et environnementales de la production piscicole de truite arc-en-ciel dans un environnement changeant. L’idée est d’explorer s’il est possible de concilier gains économiques et réduction des impacts environnementaux associés à la production de truite par des approches de sélection multi-caractères. Pour répondre à cette question, le projet reposera sur une approche combinant des enquêtes et un travail de simulation des réponses à la sélection sur la base des informations collectées. Ce projet de thèse revêt une importance significative dans le contexte de la durabilité de la production piscicole, en offrant des solutions novatrices pour répondre aux défis environnementaux tout en maintenant les objectifs économiques de l'aquaculture de truite arc-en-ciel en France.

Questions de recherche
L’objectif de cette thèse sera d’explorer, par des approches de simulation, différentes stratégies de sélection pour améliorer les performances à la fois économiques et environnementales de la production piscicole de truite arc-en-ciel dans un environnement changeant. La question de recherche à la base de ce projet est la suivante :  Est-il possible de concilier gains économiques et réduction des impacts environnementaux associés à la production de truite par des approches de sélection multi-caractères ?

Compétences nécessaires au démarrage de la thèse
Le profil recherché est prioritairement un profil d’ingénieur ou de M2 en productions animales, idéalement ayant eu une formation en génétique quantitative. Une personne intéressée par la modélisation des impacts environnementaux au moyen d’ACV et/ou la simulation de schéma de sélection génétique, est recherchée. Une bonne aptitude à travailler en équipe et à interagir avec différents acteurs de la filière est également souhaitée. Une expérience dans le domaine de l’aquaculture serait un plus. 

Environnement de travail
Le projet, principalement basé sur des approches de modélisation, ne nécessitera pas de données expérimentales. Le projet sera soutenu par l'équipe GUPPIE pour les modélisations génétiques et l'UMR SAS aidera à la formalisation et la mise en œuvre des questionnaires pour les enquêtes auprès des acteurs de la filière. Des financements sont disponibles via des projets de recherche existants au sein de l’équipé GUPPIE. Le doctorant bénéficiera d'un environnement de recherche dynamique et collaboratif, avec des possibilités de participation à des congrès internationaux.

Références bibliographiques
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Contacts

• Mathilde Dupont-Nivet (DR, HDR ; directrice de thèse) : mathilde.dupont-nivet@inrae.fr 
• Simon Pouil (CR ; co-encadrant) : simon.pouil@inrae.fr

Si vous êtes intéressé.e, merci d’envoyer un CV dès que possible et avant le 25 avril.