Une étude pionnière identifie des régions du génome bovin associées à la composition du microbiote intestinal

Le microbiote du tube digestif des animaux d’élevage joue un rôle clé dans la santé et l’efficience des animaux. Si son lien avec la génétique de l’hôte est établi chez plusieurs espèces, les bases génomiques de cette interaction restent peu connues chez les bovins laitiers. 

Cette étude, menée sur 1 875 vaches Holstein issues de fermes commerciales françaises, a combiné des analyses GWAS à partir des séquences complètes du génome et une analyse d’association basée sur les gènes afin d’identifier les régions génomiques et les gènes candidats affectant la diversité et l’abondance de 107 groupes bactériens du microbiote fécal. Elle a permis d’identifier six régions génomiques (QTL) significativement associées à l’abondance de plusieurs rangs taxonomiques, dont les genres Paeniclostridium, Sutterella, Turicibacter et Akkermansia. Ces régions QTL expliquent entre 2,0 % et 25 % de de la variabilité observée pour certains taxons. En revanche, aucun lien génomique n’a été observé concernant la diversité globale du microbiote fécal. L’étude d’association génique a mis en évidence 90 gènes candidats, dont plusieurs situés dans le complexe majeur d’histocompatibilité et enrichis dans les voies de réponse immunitaire. Notamment, une association forte a été observée entre le gène ABO et l’abondance fécale d’Akkermansia.

Ces résultats représentent une avancée significative dans la compréhension des interactions hôte-microbiote chez les bovins et ouvrent la voie à de futures stratégies de sélection à grande échelle visant à optimiser la santé et l’efficience des animaux via le microbiote.

En savoir plus: 
Brulin L, Sanchez MP, Cai Z, Ducrocq S, Even G, Martel S, Merlin S, Audebert C, Estellé J, Sahana G, Croiseau P. Sequence-based genome-wide association study reveals host genomic regions and candidate genes influencing the fecal microbiota of Holstein cows. Journal of Dairy Science. https://doi.org/10.3168/jds.2024-26203