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MOTS-CLES : aquaculture ; amélioration génétique ; efficience

L’aquaculture est une des productions animales les plus fortement en croissance au niveau mondial, seule à même de répondre à l’augmentation de la demande en produits aquatiques, du fait de l’épuisement des stocks halieutiques. L’efficacité alimentaire, qui mesure le rendement de transformation de l’aliment en poisson, est un facteur clé de son développement durable, sur les plans économique (meilleure rentabilité), écologique (réduction des intrants et des rejets biologiques) et social (réduction de la compétition alimentation animale/alimentation humaine). Des études par Analyse du Cycle de Vie montrent l’importance primordiale de l’amélioration de l’efficacité alimentaire pour réduire les impacts globaux de la pisciculture (Besson et al., 2016, 2017).

La sélection génétique est un levier potentiellement important d’amélioration de cette efficacité alimentaire, mais à ce jour non appliquée chez les poissons du fait 1) de l’absence de méthode de mesure de la consommation alimentaire individuelle des poissons élevés en groupe et 2) de l’absence de critère de sélection indirecte utilisable en pratique.
Dans le cadre du projet H2020 EMBRIC (2015-2019), nous avons testé chez le bar, espèce majeure de l’aquaculture méditerranéenne, une méthode combinant phénotypage individuel de l’efficacité alimentaire chez des poissons isolés en aquariums et sélection génomique pour améliorer l’efficacité alimentaire chez cette espèce.
Après phénotypage et génotypage de 400 bars en aquariums individuels à l’Ifremer de Palavas, nous avons pu montrer que l’efficacité alimentaire individuelle présentait une forte variabilité et une héritabilité élevée (0.47), gage d’une sélection génétique efficace. Nous avons également pu montrer que la performance individuelle était en partie prédictive de la performance en groupe (donc en conditions d’élevage normales), qui est le caractère d’intérêt. Par ailleurs, nous avons trouvé un critère plus facile à mesure et lui aussi fortement héritable, la croissance en aquarium sous alimentation restreinte, qui est très fortement génétiquement corrélée à l’efficacité alimentaire (0.98). Enfin, nous avons montré qu’une sélection génomique basée sur une population de référence de 360 individus permettait d’obtenir une précision déjà utilisable en pratique pour l’évaluation génétique, même si plus d’individus pourraient encore l’améliorer.

Sur la base de ces résultats, nous avons pu financer dans le cadre du projet H2020 PerformFish une expérimentation similaire sur la daurade royale, en partenariat avec le principal sélectionneur français de cette espèce, la Ferme Marine du Douhet, et avec le Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (Sysaaf), afin de tester la généricité de l’approche. Cette expérimentation est actuellement en cours.
Des lignées de bar sélectionnées pour l’efficacité alimentaire individuelle ont été constituées à l’Ifremer de Palavas, notre partenaire clé dans ce projet. Ces lignées seront évaluées en 2020 dans le cadre du projet H2020 AquaIMPACT, afin de valider la méthode en transgénérationnel.
Enfin, l’Ifremer, le Sysaaf et l’Ecloserie Marine de Gravelines (EMG) ont obtenu un projet Innovation FEAMP (Selfie, 2019-2022) pour tester la faisabilité de la méthode sur la population de bars en sélection d’EMG.
Les perspectives comprennent donc à la fois une validation sur d’autres espèces et populations, et un début de transfert vers les opérateurs de sélection poisson.