"Détection et caractérisation de variants génétiques affectant la fertilité ou la durée de gestation chez les bovins en valorisant des bases de données populationnelles"

UMT eBis (équipe G2B - UMR GABI)

Direction de thése : 

• Didier Boichard, Directeur de recherche INRAE
• Sébastien Fritz, Ingénieur R&D Génétique Eliance

Jury :
-    Philippe Monget, Directeur de recherche INRAE, Université de Tours ; Rapporteur et Examinateur
-    Sakina Mhaouty-Kodja, Directrice de recherche CNRS, Sorbonne Université ; Rapporteur et Examinatrice
-    Laurence Drouilhet, Chargée de recherche, INRAE, Université de Toulouse, Examinatrice
-    Alain Ducos, Professeur, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Examinateur
-    Alain Vignal, Directeur de recherche INRAE, Université de Toulouse, Examinateur

Résumé :

La capacité des animaux à se reproduire est un point-clé de la gestion des troupeaux qui permet l’induction de la lactation et la naissance de veaux destinés à la vente ou au renouvellement. Du fait d’une sélection longtemps axée sur les caractères de production ces 80 dernières années, la fertilité des bovins a nettement diminué. L’objectif de ma thèse était d’exploiter les grandes bases de données françaises – constituées par l’enregistrement de 7 millions de naissances annuelles, des informations de suivi et de performances de ces animaux, complétées par 2 millions de génotypes sur puce à SNP et par les séquences de génomes complets de 5000 taureaux – pour identifier des loci influençant différentes facettes de la fertilité des mâles, des femelles et des durées de gestation. Ainsi après avoir développé une méthode de cartographie basée sur l’étude du déséquilibre de liaison entre marqueurs de chromosomes différents dans de grandes familles, 12 réarrangements interchromosomiques ont été identifiés. Ils affectent à la fois la fertilité des taureaux porteurs, celle de leurs filles et divers traits de santé. Une vingtaine de loci récessifs ont aussi été révélés en conduisant des approches cas/contrôles sur des groupes d’animaux aux phénotypes contrastés, impactant fortement la fertilité des mâles ou des femelles. Les centaines de milliers d’accouplements entre animaux génotypés ont permis d’étudier les interactions des génomes parentaux sur les résultats des inséminations et d’initier des travaux sur la compatibilité entre animaux. Enfin, des travaux sur la durée de gestation dans 16 races françaises ont complété les connaissances sur l’héritabilité et la variabilité de ce caractère et de décrire les risques associés à une sélection pour des gestations plus courtes. L’ensemble de ces résultats montrent que le bovin peut être utilisé comme modèle pour la recherche en génétique grâce aux données générées en routine en élevage. Ils doivent pouvoir être utilisés en sélection génétique pour l’amélioration de la fertilité des animaux, qui participe à la durabilité de l’élevage bovin.