Soutenance de thèse de Tristan Kistler

La soutenance sera en anglais.

Le jury sera composé de :

• Gregor GORJANC, University of Edinburgh (Royaume-Uni), Rapporteur
• Anna Kristina SONESSON, Research Director, Nofima (Norvège), Rapporteur
• Duur AANEN, Professor, Wageningen University (Pays-Bas), Examinateur
• Ingrid DAVID, Chargée de Recherche, INRAE (Université de Toulouse), Examinatrice
• Christine DILLMANN, Professeure, Université Paris-Saclay, Examinatrice

Encadrement :

• Florence PHOCAS, INRAE, Co-directrice de thèse
• Piter BIJLA, Wageningen University (Pays-Bas), Co-encadrant de thèse

Résumé :
Des plans de sélection apicoles émergent dans le monde entier, visant à améliorer divers caractères tels que la production et la résilience. Cependant, les apiculteurs manquent de références et de méthodes pour optimiser la sélection. En effet, trois spécificités des abeilles compliquent l'application de la théorie générale de la sélection : l'haplo-diploïdie, l'accouplement polyandrique et précoce des reines, et l'expression des caractères au niveau de la colonie. Considérant ces spécificités, cette thèse explore des stratégies de sélection, l’estimation des paramètres génétiques, et propose un outil de simulation stochastique des schémas de sélection apicoles.
Concernant les stratégies de sélection, les simulations montrent que la monoandrie (reine fécondée par un seul mâle) sur 20 ans de sélection phénotypique favorise le gain sur les effets génétiques exprimés par les groupes d’ouvrières par rapport à ceux exprimés par les reines et conduit à un gain génétique total similaire ou inférieur par rapport à la polyandrie, et une consanguinité de 25 à 50 % plus élevée. La sélection massale permet un gain génétique supérieur de 20 % à la sélection intrafamiliale, mais augmente la consanguinité de 33 %.
La sélection précoce des mères dans le cadre d'une sélection sur valeurs génétiques prédites raccourcit les intervalles de génération d'un quart et peut augmenter le gain génétique de 50 %, selon l'objectif de sélection considéré, bien qu'elle empêche le phénotypage des caractères tardifs sur les mères candidates à la sélection. 
Concernant l'estimation des paramètres génétiques, les simulations montrent que lorsque tous les faux-bourdons s'accouplant à une reine proviennent d'une seule reine productrice de faux-bourdons (DPQ), les erreurs d’estimation des paramètres génétiques diminuent de 10 % par rapport au cas où les faux-bourdons proviennent de trois DPQs sœurs. Cependant, l'incertitude quant à la stratégie d'accouplement utilisée parmi ces deux possibilités peut biaiser considérablement les estimations génétiques. Les DPQs sont souvent accouplées de manière non-dirigée car elles ne transmettent pas le matériel génétique obtenu par l'accouplement aux générations suivantes de la population sous sélection. Il est montré que l’ajout d‘un effet non génétique dans le modèle d’évaluation pour les sous-populations de faux-bourdons s'accouplant avec les DPQs corrige les phénotypes des colonies de DPQs sans introduire de biais dans les estimations des paramètres génétiques. 
En utilisant les données d'une petite population en sélection en Provence, les paramètres génétiques pour des caractères apicoles, de fécondité ou liés à la résilience sont estimés. Malgré l'incertitude due à des données limitées, la plupart des caractères, y compris ceux liés à la résilience, indiquent un potentiel de sélection, tandis que la tendance à l’essaimage et la douceur des colonies n'ont pas montré d'héritabilité.
Tous les travaux de thèse visent à guider les apiculteurs-sélectionneurs dans l’amélioration génétique et la maîtrise de la consanguinité de leur cheptel. L'outil de simulation mis au point dans la thèse est disponible publiquement pour continuer d’explorer les plans de sélection apicole.

Mots clés : génétique quantitative, abeilles domestiques, simulation stochastique, sélection animale, paramètres génétiques