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MOTS-CLES : annotation de génomes ; annotation fonctionnelle ; génome ; sélection ; animaux domestiques ; bovin ; porc ; volaille ; poissons.

La mise à disposition, ces dernières années, de la séquence du génome complet de plusieurs espèces domestiques, a permis le développement d’outils de génotypage et de nouvelles méthodes de sélection, notamment la sélection génomique. Cependant, à ce jour, la découverte des variants génétiques directement impliqués dans les caractères d’intérêt agronomique reste rare. Améliorer l’annotation fonctionnelle du génome des espèces domestique est devenue incontournable pour mieux appréhender les bases moléculaires des caractères et améliorer les outils de sélection.

L’objectif primordial de l’initiative internationale FAANG est d’organiser les actions de la communauté scientifique afin de coordonner la création de cartes fonctionnelles de référence des génomes d’animaux domestiques par une approche collaborative et ouverte (‘Open Science’). De telles cartes permettent de déterminer quelles régions du génome sont fonctionnelles, avec quelle temporalité, dans quel contexte, dans quelles cellules et quels tissus. Elles contribuent ainsi à la biologie prédictive. L’Europe, avec les trois projets H2020 démarrés en 2019, est un contributeur majeur du réseau et des actions de FAANG. Dans ce contexte l’INRA s’est réaffirmé comme un des principaux acteurs internationaux sur l’annotation fonctionnelle des génomes animaux (Foissac et al, 2019, Giuffra et al. 2019).

Trois projets européens H2020 ont démarré en 2019 :

• GENE-SWitCH, coordonné par Elisabetta Giuffra et Hervé Acloque (INRA),
• BovReg, coordonné par Christa Khün (Leibniz Institute for Farm Animal Biology, Germany) et Dominique Rocha (INRA) et
• AQUA-FAANG, coordonné par Sigbjørn Lien (Norwegian Univ. Life Sciences, Norway) et Daniel McQueen (The University of Edinburgh, the Roslin Institute, UK).

Les projets ciblent deux principales espèces monogastriques, porcs et volailles (GENE-SWitCH), une espèce de ruminants, les bovins (BovReg), et six espèces de poissons d’intérêt économique en Europe (AQUA-FAANG).

L’objectif est d’améliorer l’annotation des génomes et de générer des cartes fonctionnelles de référence pour toutes ces espèces, dans différents tissus et environnements. Ainsi, la compréhension de la variabilité des caractères d’intérêt en élevage sera renforcée et les connaissances acquises auront vocation à être intégrées dans les modèles de sélection.

L’objectif principal de ces projets est l’annotation fonctionnelle en modalité “open Science”, en coordination et en synergie avec les projets en cours de la communauté FAANG. L’ensemble des données sera obtenu au travers de processus standardisés pour harmoniser les résultats puis sera déposé dans des bases de données publiques les rendant accessibles à toute la communauté scientifique. Ces trois projets seront les principaux pionniers internationaux pour l’utilisation des nouvelles annotations afin d’améliorer les modèles et méthodes de sélection génomique.