Soutenance de thèse d'Adrien DUFOUR

Prédiction des états de pluripotence cellulaire par des données multi-omics unicellulaires chez le porc
 
Adrien DUFOUR
Unité GABI – GaLac – INRAE, Jouy en Josas

Résumé :
Les changements globaux actuels nous obligent à repenser nos systèmes de production et la manière dont nous sélectionnons et phénotypons les animaux.
L’utilisation des cellules souches pluripotentes capables de s’autorenouveler et de se différencier en une multiplicité de types cellulaires est un atout qui permettra de mieux évaluer des phénotypes difficilement mesurables en élevage. Pour améliorer nos connaissances sur la biologie des cellules pluripotentes porcines, j’ai réalisé une analyse du transcriptome à l’échelle de la cellule-unique sur des embryons porcins. Cette analyse m’a permis d’identifier de nouvelles sous-populations cellulaires dans les tissus extra-embryonnaires, de mettre en évidence des voies de signalisation et des interactions cellulaires propres à chaque population et de les relier à des modules de régulation génique. À partir de ces données et de la bibliographie, nous avons pu dériver et amplifier des lignées cellules souches embryonnaires porcines (pESC). J’ai ensuite réalisé une analyse du transcriptome et de l’épigénome à l’échelle de la cellule sur des embryons porcins et nos lignées pESC, me permettant de faire le lien entre les différences épigénétiques et transcriptionnelles des populations embryonnaires et d’étudier leur évolution au cours du développement. J’ai également pu comparer le phénotype des pESC à l’épiblaste de l’embryon porcin, ce qui m’a permis d’identifier leurs différences et similarités pour les voies de signalisation et les modules de régulation génique. J’ai également mis en évidence dans les lignées pESCs deux sous-populations présentant des signatures épigénétiques et des modules de régulation génique spécifiques. L’ensemble de ces résultats a permis de mettre en évidence l’importance des interactions cellulaires pour le développement de l’embryon et pour la biologie des cellules pluripotentes et d’identifier de nouveaux modules de régulation génique associés à la pluripotence. Enfin, l’identification de deux sous-populations cellulaires pluripotentes dans nos cultures soulèvent la question de l’hétérogénéité de ces lignées et des conséquences possibles sur leur devenir et leur potentiel.
 
Jury :
•    Fabrice LAVIAL, Rapporteur, Directeur de recherche (INSERM, Lyon)
•    Laurent DAVID, Rapporteur, MCU-PH (INSERM, Nantes)
•    Sandrine LAGARRIGUE, Examinatrice, Professeur des universités (L’Institut Agro Rennes-Angers)
•    Michel COHEN-TANNOUDJI, Examinateur, Directeur de recherche (Institut Pasteur, CNRS, Paris)
•    Alice JOUNEAU, Examinatrice, Chargé de recherche (EPEE, BREED, INRAE)
 
Encadrants :
•    Hervé ACLOQUE, Directeur de thèse (GABI, INRAE, Université Paris-Saclay)
•    Jérôme ARTUS, CoEncadrant (Université de Paris-Saclay