Soutenance de thèse de Florian Besnard

Soutenance de thèse de Florian Besnard

17 juin 2024

INRAE Jouy-en-Josas, Amphithéâtre Jacques Poly

Son travail de thèse s'intitule "Exploration génomique de la mortalité juvénile des bovins". Il a été réalisé sous la direction de Didier Boichard et Aurélien Capitan au sein de l’équipe G2B de l’unité GABI.

Exploration génomique de la mortalité juvénile des bovins

Florian BESNARD
Unité GABI – G2B GeMS – INRAE, Idele, Jouy en Josas

Résumé : 
Dans le secteur de l'élevage bovin laitier, la mortalité des jeunes animaux représente un problème important, avec environ 10 % des veaux mourant de manière naturelle au cours de leur première année. Ce phénomène est complexe, influencé par divers facteurs environnementaux et génétiques, ce qui le rend difficile à étudier à grande échelle. L'Observatoire National des Anomalies Bovines (ONAB) en France a permis d'identifier de nombreuses mutations génétiques impliquées dans des anomalies, bien que ces découvertes ne représentent qu'une petite partie des morts observées.
Depuis la fin des années 2000, l'accumulation de vastes bases de données sur le pedigree, le phénotype et le génotype bovins offre de nouvelles opportunités. Ces données, bien que parfois peu précises dans leur description des historiques de vie des animaux, offrent un volume considérable pour mener des analyses approfondies. 
Dans le cadre de ma thèse, j'ai développé plusieurs approches exploitant ces vastes ensembles de données pour identifier des loci impliqués dans la mortalité avec des déterminismes génétiques dominants, récessifs et parfois avec une pénétrance incomplète. Ces loci, non étudiables par l'ONAB en raison de l'absence de signes cliniques caractéristiques, comprennent notamment les gènes ITGB7, NOA1 et RFC5, associés respectivement aux anomalies génétiques BLIRD, MTCP et à l'alopécie des extrémités. Ces découvertes ont été confirmées par des observations phénotypiques fines. De plus, j'ai développé des évaluations génomiques pilotes sur la mortalité.
L'intégration de ces travaux dans les programmes de sélection promet de réduire la mortalité en élevage. Par ailleurs, la découverte de mutations délétères affectant des gènes peu connus ouvre des perspectives prometteuses pour la recherche fondamentale.

Jury :
•    Hélène GILBERT, Rapportrice, DR (GenPhySE, INRAE, Toulouse)
•    Marie ABITBOL, Rapportrice, Professeure (VetAgroSup, Lyon)
•    Xavier MONTAGUTELLI, Examinateur, Directeur de Recherche (Institut Pasteur, Paris)
•    Daniel VAIMAN, Examinateur, DR (INSERM, Paris)
•    Xavier ROGNON, Examinateur, Professeur (AgroParisTech, Saclay)

Encadrants :
•    Didier BOICHARD, Directeur de thèse (GABI, INRAE, Université Paris-Saclay)
•    Aurélien CAPITAN, CoDirecteur de thèse (GABI, INRAE, Université Paris-Saclay)
•    Sophie MATTALIA, CoEncadrante (IDELE)

Date de création : 13 juin 2024