Le projet GENi (Génomique Equine Normandie)

Il vise à produire des outils de caractérisation des aptitudes innées des chevaux de galop, de trot et de sport, à la fois sur les performances sportives et les prédispositions à la contre-performance..

Contexte et enjeux

À ce jour, le galop ne dispose d’aucun indice génétique. Au trot, seul un indice génétique est disponible : le BTR (Blup TRotteur), calculé annuellement à partir du rapport entre les gains accumulés et le nombre de départs. Chez les chevaux de sport, chaque discipline dispose d’un indice de performance (ISO, IDR, ICC) et d’un indice génétique (BSO, BDR, BCC), calculés à partir de l’ensemble des résultats en compétition, mais qui ne fournissent qu’une valeur unique par discipline. 
Par ailleurs, aucun outil n’existe actuellement pour guider la gestion de la carrière du cheval en fonction de ses prédispositions aux pathologies courantes pouvant impacter celle-ci, afin de les prévenir grâce à un environnement adapté (entraînement, conditions d’élevage).

Ce que propose le projet GENi, c’est d’aller dans le détail de toutes ces aptitudes et de ces pathologies et dans le détail de la génétique en utilisant la génomique en plus du pedigree. Pour cela, la lecture de l’ADN d’un grand nombre de chevaux est nécessaire. Celui-ci peut être extrait d’un échantillon de sang et exploré à l’aide d’une technologie appelée puce SNP, qui a été spécifiquement adaptée aux chevaux de races françaises par des chercheurs de l’IFCE et l’INRAE, et qui permet la connaissance des bases de l’ADN en 60 000 points répartis sur tout le génome. Ces marqueurs génomiques seront mis en miroir avec le détail des résultats en course ou compétition d’une part et d’autre part avec les prédispositions à certaines pathologies d’intérêt dans les courses et le sport détaillées ci-dessous. 
 

Objectifs

Le résultat sera à terme des évaluations génomiques (et plus seulement génétiques, avec le seul pedigree) liées aux aptitudes et diversifiées selon l’âge, la discipline, le type de course ou de compétition, intégrant la longévité ou la régularité, ainsi que des marqueurs génomiques de prédisposition aux pathologies de contre-performance qui seront disponibles à la demande du propriétaire. Ces outils serviront à aider dans l’orientation de l’entrainement et la carrière du cheval selon ses aptitudes, ainsi que de support pour optimiser les choix d’accouplements. L’éleveur et l’entraineur auront alors à leur disposition une variété d’informations leur permettant d’exercer leurs choix. Les pathologies étudiées incluent :

•  troubles respiratoires, dont l’asthme, l’hémorragie pulmonaire induite par l’exercice (HPIE) et l’infection par des micro-organismes,
• myosites ou rhabdomyolyse récurrente d’exercice (RER),
•  affections vertébrales, dont les principales sont les conflits de processus épineux, l’arthropathie, la spondylose ou "becs de perroquet",
• sensibilité à la rhodococcose.

Notre stratégie est de compter sur la participation des éleveurs, entraineurs, et propriétaires ; un protocole a été mis en place pour permettre le rapatriement au laboratoire d’échantillons de sang fournis par les propriétaires volontaires de participer à l’étude.

Pour participer, un questionnaire rapide est proposé, qui concerne tous les volets du projet ; diversité des aptitudes et pathologies de contre-performance :
-    Chevaux de sport : https://sondages.inrae.fr/index.php/332899?lang=fr 
-    Pur-sang : https://sondages.inrae.fr/index.php/595132?lang=fr 
-    Trotteurs : https://sondages.inrae.fr/index.php/283366?lang=fr

Les travaux de l’équipe BIGE : la RER chez le cheval de course

Le projet GENi s'intéresse aux contre-performances et notamment à la rhabdomyolyse récurrente d’exercice (RER). La RER est associée à des facteurs génétiques, mais les connaissances actuelles sur les gènes impliqués restent fragmentaires chez les chevaux de course. En effet, certaines familles de chevaux à risque sont plus susceptibles de développer cette pathologie que d'autres et de la transmettre à leur progéniture. Les chercheurs de l’équipe BIGE (GABI-UMR1313-INRAE) ont déjà mis en évidence des marqueurs génétiques déterminant le risque de présenter la RER chez le cheval Arabe, mais les gènes prédisposant à la pathologie n’ont pas été identifiés chez d’autres races.

La rhabdomyolyse récurrente d'exercice se manifeste souvent pendant une séance d’entraînement ou dans l’heure qui la suit. Les symptômes peuvent inclure des raideurs musculaires, une douleur intense, de la faiblesse et, dans certains cas, une dégradation des muscles pouvant entraîner des complications graves, voire la mort du cheval si l’affection n'est pas prise en charge rapidement. Pour les chevaux de course de trot et de galop, cette pathologie est donc particulièrement problématique car elle peut compromettre leur carrière. Les chevaux affectés par la rhabdomyolyse récurrente d’exercice sont souvent contraints de s'arrêter temporairement ou définitivement, ce qui représente une perte financière et un frein au développement de leurs performances. Il est donc crucial de mieux comprendre les facteurs génétiques qui contribuent à la survenue de cette affection pour élaborer des plans de reproduction vertueux, des traitements ciblés et des stratégies de prévention efficaces.

L’objectif principal pour l’équipe est donc de localiser et de caractériser les gènes associés à la rhabdomyolyse récurrente d’exercice en utilisant des techniques de génotypage avancées. En identifiant ces mutations chez le Trotteur Français et le Pur-Sang, l’équipe de recherche espère ainsi permettre aux entraîneurs et aux propriétaires de chevaux de course de mieux connaitre les chevaux à risque et ainsi d’ouvrir la voie à des moyens de prévention, à une gestion des accouplements raisonnée, à un diagnostic précoce et à des traitements ciblés. Les vétérinaires, éleveurs, entraîneurs et les propriétaires de chevaux de course sont invités à participer activement en remplissant en moins de 5 minutes un questionnaire recensant les chevaux de course de race Trotteur Français ou Pur-Sang sujets à la RER. 

•    Vétérinaires : https://sondages.inrae.fr/index.php/859592?lang=fr  
•    Eleveurs, propriétaires, entraineurs : https://sondages.inrae.fr/index.php/679561?lang=fr  
 

Toutes ces données destinées à la recherche sont anonymisées, sécurisées et strictement confidentielles (Cf fiches d’information RGPD). 
 

Le projet GENi est à l’initiative de la région Normandie. Il est financé par la région Normandie et co-financé par l’IFCE, France Carnot Futur Elevage (ANR), le Fonds Eperon, GIS Centaure et l’Union Européenne. Il est labellisé par le Pôle Hippolia.