Florence JAFFREZIC, Directrice de recherche

INRAE, UMR 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative
Domaine de Vilvert, Bat 211, 78352 Jouy en Josas

Tel : +33 (0) 1 34 65 21 94   Fax  : +33 (0) 1 34 65 22 10

Email : florence.jaffrezic@inrae.fr

• https://orcid.org/0000-0001-7579-6419 
• https://www.researchgate.net/profile/Florence-Jaffrezic 
• https://fr.linkedin.com/in/florence-jaffrezic-26b3b312 

Equipe Génomique, Biodiversité, Bioinformatique, Statistique (GiBBS)

CV 
2011 : HDR (Habilitation à Diriger les Recherches), Université de Rennes I : "Méthodologie du Modèle Mixte pour la Génomique"
2001 : PhD de l’Université d’Edimbourg (Grande-Bretagne) : "Statistical Models for the Genetic Analysis of Longitudinal Data", encadrée par WG Hill et R. Thompson.
1998 : DEA de Statistiques Mathématiques, mention Bien, Université de Rennes I.
1998 : Diplôme d’Ingénieur de l’ENSAI (Ecole Nationale de la Statistique et de l’Analyse de l’Information).

Domaines de recherche
Analyse de données de génomique haut-débit, principalement transcriptome (microarrays et RNA-seq) : analyse différentielle et inférence de réseaux de gènes. Modèle mixte (linéaire, non linéaire et linéaire généralisé), algorithme EM stochastique, modélisation des variances hétérogènes, analyse de données longitudinales (modélisation de structures de covariance).

Autres activités  
Encadrement 
Depuis Sept. 2014: Co-encadrement avec Grégory Nuel (UPMC) de la thèse de Gilles Monneret "Estimation d'effets causaux dans les réseaux de régulation génique à partir d'observations et d'interventions".

Depuis Sept. 2013: Co-encadrement avec Gilles Celeux (INRIA, Orsay) de la thèse de Mélina Gallopin (ISUP) "Inférence de réseaux de gènes à partir de données de séquençage haut-débit RNA-seq".

2006-2009: Co-encadrement avec Jean-Louis Foulley de la thèse de Guillemette Marot (ENSAI) sur l’Analyse statistique des données d’expression de gènes (détection de gènes différentiellement exprimés, méta-analyse). Prix de thèse de la Société Française de Biométrie 2010.

2007-2010: Co-encadrement avec Rebecca Doerge et Jean-Louis Foulley de la thèse d’Andrea Rau (Purdue University, USA) sur la Reconstruction de réseaux de gènes dans l’analyse des données d’expression.

Enseignement
Cours de Modèles Mixtes à l’ENSAI (20h).

Software (R packages)
HTSFilter (2013): Filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/HTSFilter.html
metaRNASeq (2013): Meta-analysis of RNA-seq data
http://r-forge.r-project.org/R/?group_id=1504