Faits marquants 2025

Une grande diversité de leviers génétiques existent pour améliorer la résistance des truites arc-en-ciel aux maladies infectieuses, bactériennes ou virales

Face à l’absence de mesures préventives efficaces en aquaculture pour certaines maladies infectieuses, l’amélioration génétique constitue une alternative pertinente pour fournir à la filière des poissons plus résistants aux principaux pathogènes rencontrés en élevage. Des scientifiques d’INRAE, en collaboration avec le SYSAAF et ses sélectionneurs, ont étudié les leviers génétiques visant à améliorer la résistance de truites arc-en-ciel à trois maladies infectieuses majeures en salmoniculture, l’une causée par une bactérie, la flavobactériose, et deux causées par des virus, la nécrose pancréatique infectieuse et la septicémie hémorragique virale. Leurs travaux révèlent une importante variabilité des réponses immunitaires, observée entre espèces proches de salmonidés, entre lignées de truites et entre types cellulaires. Les résistances présentent des déterminismes polygéniques, toutefois certaines zones du génome exercent un effet majeur avec des différences de survie de 20% à 40%  entre poissons résistants et sensibles. Plusieurs gènes potentiellement impliqués dans les réponses immunitaires ont été identifiés, contribuant à la diversité de ces réponses. L’utilisation de marqueurs génomiques devrait permettre aux sélectionneurs d’améliorer la résistance de leurs lignées de truite arc-en-ciel aux maladies infectieuses impactant fortement la salmoniculture. 

Contact : Florence Phocas, équipe GUPPIE

Références  :

1. D'Ambrosio, J., François, Y., Morin, T. et al. Une étude d'association pangénomique à haute densité met en évidence des gènes candidats majeurs pour la résistance à la nécrose pancréatique infectieuse chez la truite arc-en-ciel. Genet Sel Evol 57 , 50 (2025). https://doi.org/10.1186/s12711-025-00996-w
2. Clark, TC, Thomas, V., Taylor, RS et al. La transcriptomique à l'échelle des cellules immunitaires apporte des éclairages sur les bases des variations de la résistance génétique des poissons aux maladies virales. BMC Biol 23 , 348 (2025). https://doi.org/10.1186/s12915-025-02452-z
3. Pouil, S., Rigaudeau, D., Lee, BH. et al. Hétérogénéité remarquable révélée dans l'architecture génétique de la résistance à un pathogène bactérien clé chez deux populations commerciales de truites arc-en-ciel. BMC Genomics 27 , 49 (2026). https://doi.org/10.1186/s12864-025-12231-3

Une thérapie antivirale par oligonucléotides antisens ciblant le gène de la nucléocapside du SARS-CoV-2 réduit la réplication virale chez le hamster

Le SARS-CoV-2 est un coronavirus à ARN simple brin positif, responsable de la pandémie de COVID-19. L’apparition de nouveaux variants et l’efficacité limitée des antiviraux actuels soulignent le besoin d’autres thérapeutiques innovantes plus efficaces. Dans cette étude, des oligonucléotides antisens (ASO) ciblant le gène de la nucléocapside N du SARS-CoV-2 ont été conçus, testés in vitro avec succès, puis le meilleur ASO sélectionné a été évalué in vivo sur un modèle d'infection hamster. Chez les hamsters infectés, un traitement intranasal initial, suivi d’injections quotidiennes pendant 5 jours a montré une amélioration clinique significative : la consommation alimentaire a augmenté et la perte de poids a été réduite. L’ASO-N1 a induit une réduction de l’ARN viral et de l’expression des cytokines inflammatoires dans la muqueuse nasale, et a diminué efficacement le titre viral infectieux des écouvillons nasaux surtout à 3 jours post-infection. Malgré tous les variants du virus SARS-CoV-2 depuis sa découverte, la séquence cible de l’ASO-N1 est resté conservée ce qui démontre la robustesse de cette stratégie antivirale.

Contact : Eric Barrey, équipe BIGE

Référence :

• Fitzpatrick C, Meunier N, Lepoder S … Les oligonucléotides antisens ciblant le gène de la nucléocapside du SARS-CoV-2 diminuent les titres viraux chez les hamsters. Acides nucléiques de thérapie moléculaire, 2025 ; 36 https://doi.org/10.1016/j.omtn.2025.102612

Explorer la situation des races transfrontalières en Europe en vue de leur gestion et conservation efficaces

La situation des races animales transfrontalières en Europe et les défis liés à leur gestion a étudiée à travers les données présentes dans le système d’information international pour les ressources génétiques animales de la FAO, DAD-IS. Sur 6 460 populations nationales recensées en Europe, 42 % sont décalrées comme des races transfrontalières par les Etats européens. Parmi elles, un quart n’existe qu’en Europe dont 85 % sont classées « à risque » ou présentent un statut « inconnu », ce qui met en évidence un manque important de suivi et de protection. L’étude relève plusieurs problèmes majeurs. Les concepts diffèrent selon les pays, entraînant des incohérences de classification. L’absence d’harmonisation des systèmes nationaux et le manque d’informations démographiques et génétiques limitent une évaluation fiable. Pour y remédier, les auteurs recommandent d’harmoniser la terminologie, d’intensifier les échanges d’informations, de suivre régulièrement les indicateurs démographiques et de développer des stratégies communes à l’échelle européenne. Enfin, la coopération transnationale est cruciale pour la gestion de ces races transfrontalières et en danger. La mise en place de plans de gestion in situ et ex situ, l’utilisation des données génomiques, le partage de matériel génétique et la création de réseaux de conservation sont proposés afin d’assurer la viabilité des races à faibles effectifs, préserver la diversité génétique et garantir une gestion durable des ressources animales transfrontalières.

Contact : Eleonore Charvolin-Lemaire

Référence :

• Charvolin, E. (2025) "Explorer la situation des races transfrontalières en Europe pour leur gestion et leur conservation efficaces", Genetic Resources , 6(12), pp. 73–82. doi: 10.46265/genresj.BPGX5961.

Mise en évidence de l’influence de la génétique sur la variabilité individuelle des réponses vaccinales chez la poule

La vaccination est essentielle pour protéger les poules contre les maladies, mais toutes ne réagissent pas de la même façon : certaines développent une bonne protection, d’autres beaucoup moins. Cette différence intrigue les chercheurs, car elle semble en partie liée à la génétique, mais les mécanismes restent encore mal connus. Pour mieux comprendre, nous avons suivi 552 poules de la race White Leghorn pendant 22 semaines. Elles ont été vaccinées contre quatre maladies aviaires importantes : la maladie de Newcastle, la bronchite infectieuse, l'encéphalomyélite aviaire et le pneumovirus aviaire. Pour chaque vaccin, nous avons mesuré leurs réponses immunitaires et analysé leurs génétiques afin d'identifier les facteurs pouvant influencer l’efficacité des vaccins. Nos résultats montrent que la capacité à bien répondre à un vaccin est en partie héritée des parents : la génétique joue donc un rôle réel dans la protection vaccinale. Nous avons également identifié des zones du génome et des gènes candidats impliqués, différents selon les vaccins, ce qui indique qu’il n’existe pas un seul gène “universel” de bonne réponse vaccinale chez la poule..

Contact : Fanny Calenge et Marie-Hélène Pinard-van der Laan, équipe GeMS

Référence :

• A. Racanati, T. Tribout, A. Al. M. Sabuj, F. Blanc, B.C.D. Cuyabano, A. Lecoeur, S. Brard-Fudulea, N. Bruneau, D. Gourichon, L. Becot, T. Burlot, F. Calenge, M-H. Pinard-van der Laan. Genetic influence underlying individual variation in vaccine responses in a White Leghorn laying hen line. Animal, Volume 19, Issue 12, 2025, 101686, https://doi.org/10.1016/j.animal.2025.101686

La notion d'érosion des prédictions génomiques

La sélection génomique est une révolution pour l’élevage et l’agriculture : elle permet de prédire le potentiel génétique d’un individu très tôt en analysant son ADN. Mais cette méthode a un défaut: plus on l’applique sur des générations successives sans renouveler la population de référence, moins elle est précise. La revue Genetics Selection Evolution publie un article expliquant pourquoi cette précision de la sélection génomique diminue au fil des générations. L’étude met en évidence que les liens entre certains marqueurs génétiques et les caractéristiques observées (comme la production laitière ou la résistance aux maladies) reposent pour partie sur des associations entre des segments d’ADN très éloignés, parfois même situés sur des chromosomes différents. Or, ces associations se réduisent au fil des générations et finissent par disparaître, ce qui rend les prédictions moins fiables. L’article explique ce phénomène et propose deux méthodes pour mesurer cette « érosion » de la précision au fil du temps. La prise en compte de cette érosion fiabilise considérablement les prédictions de valeur génétique des jeunes animaux génotypés.

Contact : Didier Boichard, équipe GBOS

Référence :

• Boichard, D., Fritz, S., Croiseau, P. et al. L’érosion des valeurs génomiques estimées au fil des générations est due aux associations à longue distance entre les marqueurs et les QTL. Genet Sel Evol 57 , 14 (2025). https://doi.org/10.1186/s12711-025-00963-5

Médaille d’argent Dufrenoy de l’académie d’agriculture obtenue par Alicia Jacques pour sa thèse : "Introduction de diversité génétique dans les populations animales à partir de collections cryoconservées"

Alicia Jacques a reçu le 24 septembre 2025 la médaille d’argent Dufrenoy de l’académie d’agriculture de France pour ses travaux de thèse réalisés au sein de l’unité GABI. Ses travaux portaient sur les ressources cryoconservées qui constituent un levier stratégique pour faire face à l’inévitable érosion de la diversité génétique des populations animales, tant dans les populations sélectionnées pour lesquelles quelques reproducteurs sont sélectionnés à chaque génération que pour les races en conservation dont les effectifs sont souvent limités. A cet effet, la Cryobanque Nationale héberge des échantillons représentatifs de la diversité génétique des races françaises. Si l’objectif initial de cette cryobanque était de pouvoir reconstituer une population disparue, elle a aussi vocation à soutenir la gestion des populations sur pied et donc d’éviter en amont leur disparition. Cependant, ce dernier objectif est très peu mis en oeuvre faute de recommandations appropriées. Au travers des cas concrets et des simulations, Alicia a pu mettre en évidence l’utilité de ces ressources génétiques dans cette optique. De plus, elle a aussi élaboré des recommandations pour leur utilisation dans des programmes de sélection ou de conservation. Elle a également proposé des stratégies de constitution de ces collections. Afin d’optimiser l’impact de ses travaux dans la société, Alicia a également mis en œuvre un travail de communication vers des publics non-scientifiques via la réalisation de deux bandes dessinées.

Contact : Alicia Jacques

Référence

• Alicia Jacques. Introduction de diversité génétique dans les populations animales à partir de collections cryoconservées. Génétique animale. Université Paris-Saclay, 2023. Français. ⟨NNT : 2023UPASB084⟩. ⟨tel-04403162⟩

Des variants génétiques décryptés pour améliorer la santé et la productivité des bovins

Au début des années 2000, l’évolution des technologies d’analyse de l’ADN a propulsé la génétique bovine dans l’ère de la génomique. Ainsi, il a été possible d’identifier les nombreux variants génétiques présents dans le génome des différentes races bovines. Pourtant, il est aujourd’hui encore difficile de comprendre précisément comment ces variations influencent des caractères agronomiques clés tels que la production laitière, la santé ou la fertilité. Pour décrypter ces mécanismes, des chercheurs du département Génétique Animale d’INRAE ont développé une approche innovante alliant génétique quantitative, génomique fonctionnelle et intelligence artificielle. Leurs résultats, publiés dans la revue Nature Communications, ouvrent la voie à des outils de sélection plus efficaces, en faveur d’un élevage durable et résilient.

Contact : Arnaud Boulling, équipe GBOS

Références :

• Charles M, Gaiani N, Sanchez MP, Boussaha M, Hozé C, Boichard D, Rocha D, Boulling A. Functional impact of splicing variants in the elaboration of complex traits in cattle. Nat Commun. 2025 Apr 24;16(1):3893. doi: 10.1038/s41467-025-58970-5.

Femelle ou mâle ? Combien de gènes détermineront le sexe d’une truite avec le changement climatique ?

Les poissons ont développé au cours de l’évolution une remarquable diversité de mécanismes de contrôle du sexe phénotypique, allant de systèmes hétérogamétiques, c’est-à-dire dépendant de chromosomes différents de type XX/XY comme chez les mammifères ou ZZ/ZW comme chez les oiseaux, à des systèmes polygéniques (dépendant de variations de multiples gènes), ou régulés par l’environnement.

Contact : Florence Phocas, équipe GUPPIE

Références :

• Dehaullon A., Fraslin C., Bestin A. et al. (2025). In-depth investigation of genome to refine QTL positions for spontaneous sex-reversal in XX rainbow trout. PLoS One 20: e0313464. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0313464
• Fraslin C., Phocas F., Bestin A. et al. (2020). Genetic determinism of spontaneous masculinisation in XX female rainbow trout: new insights using medium throughput genotyping and whole-genome sequencing. Scientific Reports 10:17693.
• Quillet E., Aubard G., Quéau I. (2002). Mutation in a sex-determining gene in rainbow trout: detection and genetic analysis. Journal of Heredity 93: 91–99.
• Valdivia K., Jouanno E., Volff J.N., Galiana-Arnoux D., Guyomard R., Helary L., et al. et al. 2014. High temperature increases the masculinization rate of the all-female (XX) rainbow trout “Mal” population. PLoS One 9: e113355.

Du dioxyde de titane détecté dans le lait, malgré l’interdiction du E171

Des scientifiques d’INRAE, de l’AP-HP, du synchrotron SOLEIL et du CNRS ont détecté des particules de dioxyde de titane dans des laits humains, animaux et infantiles, notamment sous forme de nanoparticules. Le travail de caractérisation sur la forme et la composition des particules pourra servir de base aux futures études de toxicité, notamment sur les effets cocktails. Des résultats publiés dans Science of the Total Environment.    

Contact : Anne Burtey, équipe GBOS

Référence :

• Rivard C., Djebrani-Oussedik N., Cloix R., Hue-Beauvais C., Kuszla N., Ivanova E., Simon M., Dufour A., Launay F., Gazeau F., Acloque H., Parat S., Poupon J. and Burtey A. (2025). Detection of titanium dioxide particles in human, animal and infant formula milk. Science of the Total Environment. DOI: https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2025.180040

Une avancée pour un diagnostic non invasif du déficit énergétique chez la vache laitière à partir d’échantillons de lait

Chez la vache laitière, un déficit énergétique, période où les apports énergétiques de l’alimentation ne couvrent pas les besoins de l’animal, est souvent synonyme de perte de production laitière. Aussi, leur détection précoce est primordiale, afin que l’éleveur puisse adapter la conduite des animaux en conséquence. Les techniques de détection actuelles sont complexes, car elles nécessitent une prise de sang. Une technique basée sur l’analyse de la composition du lait serait plus intéressante, moins invasive et plus respectueuse du bien-être animal. Le déficit énergétique peut être induit expérimentalement par une restriction alimentaire. Ainsi les chercheurs ont analysé des échantillons de lait provenant d’animaux ayant subi ou non une restriction alimentaire. Dans ces laits, ils ont recherché des composants reflétant de manière robuste l’état énergétique des animaux. Pour cela, ils ont mobilisé des approches d’analyses intégratives innovantes, permettant l’analyse simultanée de plusieurs catégories de molécules dans les deux expérimentations. Ces travaux ont permis d’identifier plusieurs molécules dans le lait qui traduisent l’état physiologique de l’animal. De prochaines études pourront valider si elles peuvent être dosées dans le lait de manière fiable en routine, et ainsi devenir un outil pour le suivi des animaux par les éleveurs.

Contact : Fabienne Le Provost, équipe EFISA

Références :

• Leduc A., Rau A., Laloë D., Le Guillou S., Martin P., Gele M., Pires J, Faulconnier Y., Leroux C., Boutinaud M. and Le Provost F., Integrated multi-omic analyses of bovine milk identify biomarkers of negative energy balance, Molecular Omics, 2025, 24, 680. 10.1039/d4mo00190g
• Billa P.A., Faulconnier Y., Larsen T., Leroux C. and Pires J., J Dairy Sci, 2020, 103, 3133-3146. 10.3168/jds.2019-17466
• Leduc A., Le Guillou S., Laloë D., Herve L., Laubier J., Poton P., Faulconnier Y., Pires J., Gele M., Martin P., Leroux C., Boutinaud M. and Le Provost F., BMC Genomics, 2023, 24, 680. 10.1186/s12864-023-09769-5
• Leduc A., Le Guillou S., Bianchi L., Correia L.O., Gelé M., Pires J., Martin P., Leroux C., Le Provost F. and Boutinaud M., Sci Rep, 2022, 12, 18886. 10.1038/s41598-022-21804-1

Des chercheurs d’INRAE-GABI identifient de nouveaux modèles génétiques bovins pour l’étude d’une anomalie squelettique humaine

Des chercheurs INRAE ont identifié chez le bovin des modèles naturels uniques permettant d’étudier une anomalie génétique rare chez l’homme : la chondrodysplasie ponctuée rhizomélique (RCDP). Cette malformation squelettique sévère résulte d’un dysfonctionnement des peroxysomes (de petites structures cellulaires essentielles au métabolisme) consécutif chez l’humain à des mutations dans les gènes AGPS, FAR1, GNPAT, PEX5 ou PEX7.

Contact : Arnaud Boulling et Aurélien Capitan, équipe GBOS

Références :

• Arnaud Boulling, Julien Corbeau, Cécile Grohs, Anne Barbat, Jérémy Mortier, et al.. A bovine model of rhizomelic chondrodysplasia punctata caused by a deep intronic splicing variant in the GNPAT gene. Genetics Selection Evolution, 2025, 57 (1), pp.23. ⟨10.1186/s12711-025-00969-z⟩.
• Cécile Grohs, Stéphanie Minéry, Sébastien Fritz, Mekki Boussaha, Aurélien Capitan. A recessive deleterious missense variant in PEX7 causes a lethal form of chondrodysplasia in Bazadaise cattle. Animal Genetics, 2025, 56 (4), ⟨10.1111/age.70035⟩.

Claire Rogel-Gaillard promue Officier de l’Ordre national du Mérite

Claire Rogel-Gaillard, directrice de recherche INRAE, a été promue Officier de l’Ordre national du Mérite. La médaille lui a été remise le 31 mars 2025 au siège d’INRAE par Sylvie Retailleau, ancienne ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, en présence de Philippe Mauguin, président-directeur général d’INRAE.

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