Pedig – un logiciel pour l’analyse de généalogies adapté aux grandes populations

Version du 26 avril 2020

GRain2.2 remplace GRain1.0 et corrige une erreur décrite dans Doekes et al, 2020 (voir répertoire publications)

Version du 18 août 2015

Ce logiciel est un ensemble de programmes indépendants écrits en Fortran selon une philosophie commune, pour extraire et recodifier un fichier de pedigree, calculer des probabilités d’origine de gènes, des coefficients de consanguinité et de parenté, et pour caractériser la profondeur de l’information généalogique. Il peut analyser des fichiers de millions d'individus. Il est facile à installer sous Windows ou Linux. L’archive à télécharger contient les codes source, le mode d’emploi, diverses publications, quatre exemples, et les exécutables pour windows et linux.

Principales évolutions de cette version : les programmes sont en allocation dynamique et s'adaptent à la dimension de problèmes traités ; ajout des programmes anc_comm (recherche d'ancêtres communs) et verif_ped (recherche d'erreurs dans le pedigree) ; nouvelles options dans ped_util; les exécutables sont produits avec gfortran.

Auteur : D Boichard

Références

Didier Boichard. Pedig: a fortran package for pedigree analysis suited for large populations.. 7th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, 2002, Montpellier, pp.Inconnu. ⟨hal-02833573⟩ 

Télécharger l'application, le mode d'emploi (zip) 

[Note: cette version demande l'installation de la bibliothèque gfortran de GNU: https://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries ]