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Le développement  des outils bio-informatiques, mariant biologie et calculs informatiques, ne va cesser de bouleverser notre quotidien dans les années à venir. Le monde de la sélection animale n’échappe pas à ces changements  profonds. Depuis quelques années déjà, la sélection génomique a fait son apparition chez les races bovines laitières.

La sélection génomique permet de connaitre la valeur génétique d’un animal dès sa naissance par analyse de son génome. Avec la génomique, un animal peut être sélectionné comme reproducteur sans que l’on connaisse ses performances ou celles de ses descendants, ce qui permet un gain de temps (réduction de l’intervalle de génération) ou d’organiser une sélection sur des caractères difficilement observables comme la fertilité, la résistance aux maladies ou la qualité de la viande.  

Cette méthode de prédiction résulte de la mise en équation des associations entre valeurs observées des caractères (phénotypes) et les polymorphismes du génome (génotypes) identifiés par des marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Ces relations statistiques, permettant l’établissement d’index (c’est-à-dire de valeurs géniques prédites), sont développées à partir des informations de phénotypes et génotypes collectées dans une population de référence.
La précision de ces index est d’autant plus élevée que le nombre d’animaux de la population de référence est important, que le phénotypage est précis et que la diversité génétique de la population concernée est faible.
Les races allaitantes présentent une plus grande diversité génétique que les races laitières et des phénotypes précis moins nombreux, ce qui constituait jusqu’ici un obstacle à l’utilisation de la génomique.

Le Projet GEMBAL

Le projet GEMBAL (2011-2014) impliquant l’INRA, l’Idele (Institut de l’élevage), l’UNCEIA et Races de France a pour objectif d’étendre la sélection génomique à toutes les races bovines – 9 races allaitantes et 9 laitières – en sélection en France. Pour cela, le génotypage  d’environ 5000 animaux avec des puces pan-génomiques à haute densité (puce HD avec 777 000 marqueurs SNP) a été réalisé, en essayant d’atteindre au moins un effectif de 200 à 300 animaux génotypés en HD par race.  Dans de nombreuses races, quelques centaines à milliers de génotypages supplémentaires à moyenne densité (puce MD avec 54 000 marqueurs) ont été apportés en complément au projet. Les chercheurs ont converti en génotypages HD selon une approche statistique (appelée imputation) ces milliers de génotypages supplémentaires, afin d’accroître la taille des populations de référence, à coût abordable.
Diverses méthodologies sont étudiées et mises en œuvre pour proposer des index génomiques pour toutes les races. Les évaluations sont réalisées en utilisant seulement l’information d’une seule race quand sa population de référence est de taille suffisante pour permettre la prédiction d’index génomique précis. Des évaluations utilisant une information multiraciale sont à l’étude pour les races dont les populations de référence sont faibles (moins de 500 animaux génotypés et avec des phénotypes précis)
Les chercheurs ont vérifié le gain de précision apporté par  ces index génomiques par rapport aux index génétiques classiques sur cinq caractères - poids à la naissance, facilité de naissance, poids au sevrage, développement musculaire et, développement squelettique – pour de jeunes animaux de races blonde, charolaise et limousine sans phénotype. Dès 2015, les outils et méthodes de sélection génomique pour les trois principales races allaitantes françaises (Blonde, Charolaise, Limousine) seront prêts à être déployés. Pour les autres races d’effectifs plus limités (Aubrac, Salers, Parthenaise, Rouge Des Prés, Gasconne, Bazadaise), le déploiement s’effectuera courant 2015 et au-delà, au fur et à mesure que des populations de référence de taille suffisante auront été constituées.